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1、新版PubMed检索,新版PubMed检索,PubMed及NCBI相关数据库 PubMed数据范围 认识新版PubMed PubMed检索方法 PubMed RSS学科跟踪,PubMed及相关数据库,NCBI(National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心) NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是National Institutes of Health（NIH
2、）底下的National Library of Medicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。 NCBI成立的主要任务为： 提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色 发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程， 包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促 进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与 管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生物重要分子的结构与功能。,
3、NCBI组织架构,Computational Biology Branch （CBB） Information Engineering Branch（IEB） Information Resources Branch（IRB）,NCBI组织架构,Computational Biology Branch（CBB） 处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理论问题的基础与应用研究，包括基因体分析、序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力学与交互作用、结构/功能预测等。 建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产业界之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划。 提供研究分子生物
4、分析工具的咨询与建议。 与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提高实验研究质量。,NCBI组织架构,Information Engineering Branch（IEB） 进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。 设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包括核酸、蛋白质与结构信息。 设计与发展分布式软件系统，提供研究人员本机与远程的计算服务。 协调公开序列、遗传、结构、目录信息，建立管理与整合数据库或连结至外部数据库。 建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划。 提供软件与数据库设计咨询与建议。 发展与提倡数据库、数据交换与生物
5、命名的标准。,NCBI组织架构,Information Resources Branch（IRB） 计划、监督与管理NCBI的计算机技术操作，包含用来研究、发展与存取公开数据库的计算机系统。 提供NCBI人员与外来使用者技术支持。 提供NCBI服务之网络操作指导。 规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会。 计划、发展与管理政府合约与合作协议书，已获得支持NCBI信息 功能的设备与服务。 作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人。 执行应用研究与发展，提供技术支持与指导，鉴定使用者需求； 管理生物使用社群之问卷调查，以评估NCBI发展的软件使用情形。 协调政府其它办事处与生物信息资源，促进NCB
6、I数据储存的发展。,NCBI组织架构,NCBI还有一个跨多学科的基础研究群，组成人员包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生化学家与物理学家，共同致力于计算分子生物的基础与应用研究。他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基本生物医学问题，这些问题包含了基因结构侦测与分析、序列分析、立体结构预测、重复序列类型（Pattern）、建立基因体图谱、HIV感染动力学的数学模型、分析序列错误对数据库搜寻的影响、发展数据库搜寻与多重序列比对的新算法、建立无重复的序列数据库、使用数学模型评估序列相似性在统计学上的重要性、建立文章检索的载体（Vector）模型等。除此之外，这些研究人员尚与NIH的研
7、究单位、学术单位的研究实验室与政府机构的研究实验室间维持合作关系，目前仍有多项研究计划正在进行当中。,NCBI资源,NCBI目前提供的生物信息资源主要分为 生物数据库 生物信息工具,NCBI资源,生物数据库 生物数据库是一个永久数据的大的组织体，通常结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。对于研究人员而言，数据库必须符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物问题的信息两项功能。 NCBI的数据库搜寻与存取系统-Entrez，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息，同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息。目前，NCBI提供的公开（O
8、pen Access）数据库包括如下：,Entrez以及BLAST,Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构和参考文献的能力。PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。 BLAST是一个NCBI开发
9、的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得。,Entrez可以检索的数据库,Books 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库 Cancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogene
10、tic、临床与文献相关数据 Conserved Domain Database（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库 3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据 Gene，包含许多物种的基因数据库 Genome，包含超过800种物种的基因组数据库 GENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱 GEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据 GEO Profiles，基因表现图谱 HomoloGene，同源基因批注数据库 Journals，期刊文献（包含PubMed） MeSH，医学主题词数据库 NCBI Web Site，所有NCBI网页 NLM Catalog，美国国立医
11、学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录 Nucleotide sequence database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）,Entrez可以检索的数据库,Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库 PopSet，族群演化分析相关研究资料 Protein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料） PubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛
12、选资料 PubChem Compound，小分子化学物质结构 PubChem Substance，具生物活性之化学物质筛选数据 PubMed，科学文献报导数据库 PubMed Central，科学文献数字全文数据库 Site Search，可搜寻NCBI的网页与FTP SNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP) Structure，分子模型数据(MMDB) Taxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 UniGene，人类unique基因序列数据库 UniSTS，unique序列卷标地址数据库,PubMed数据范围,数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据资源链接。 特点： 免费提供题录和
13、文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词自动转换匹配 操作简便、快捷,PubMed数据范围,MEDLINE 4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。 文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年。 记录中用PubMed-indexed for MEDLINE标记表示 注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据,In process citation 提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 记录中用PubMed-in process标记
14、表示。,Publisher Supplied Citations 出版商直接向PubMed提供电子记录 包括MEDLINE未收录的部分记录 记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。,OldMedline 1950-1965年间发表的200多万篇文献 没有MeSH字段和摘要 记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。,PubMed not Medline PubMed收录Medline不收录的文献。 记录中用PubMed标记表示。,PreMedline,PubMed,Medline,PubMed与MEDLINE的区别,收录
15、范围广： MEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等） 收录记录新： 在MEDLINE数据标引前的最新题录 文献类型全： 提供电子原文链接（部分免费）,认识新版PubMed,PubMed首页 PubMed检索结果页 PubMed结果显示 PubMed摘要显示,新版PubMed特色： 简洁、清新 检索速度较快,www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed,常用工具,Welcome to PubMed,使用帮助,更多服务,检索词输入框,出处SO,篇名TI,作者AU,文献类型(状态),Summary,结果筛选,检索提示,认识新版PubMed,认识新版Pub
16、Med,调整显示设置 可改变显示模 式，显示数量 及检索结果排 序,显示设置,显示摘要,显示数量,排序模式,在摘要显示模 式下可以看到 详细的文献信 息,作者地址,文献摘要,文献作者,文献篇名,全文链接,文献类型,文献主题词,认识新版PubMed,出版社上传,PreMedline,PubMed,Medline,PubMed数据 库收录的文献 的状态，主要 为Medline,相关数据库检索,检索详情,认识新版PubMed,非英文的文献 篇名上有中括 号 且注明 有语种,英文文献,土耳其语, 篇名 ,英文文献,认识新版PubMed,电子优先即最 新文献，一般 比印刷出版提 前三个月以上,电子优先,2009年5月,2008年9月,认识新版PubMed,PubMed检索方法,PubMed基本检索 PubMed高级检索 PubMed限定检索 PubMed主题检索 临床查询检索 PubMed全文获取,PubMed基本检索,在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中
