《使用clustal软件及phylip构建系统发生树培训课件》由会员分享，可在线阅读，更多相关《使用clustal软件及phylip构建系统发生树培训课件（23页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、用ClustalX及PHYLIP软件构建系统发生树,进化树（Phylogenetic tree）分析,对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤,1.要对所分析的多序列目标进行排列（To align sequences）。做ALIGNMENT的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW，前者是在WINDOW下的而后者是在DOS下的。,PHYLIP软件介绍,主要包括五个方面的功能： DNA和蛋白质序列数据的分析软件 序列数据转变方面的功能软件，对距离数据分析的软件 对基因频率和连续的元素分析的软件 把序列的每个碱基/氨基酸独立看待时，对序列进行分析的软件 绘制和修改进化树的软件,具
2、体操作流程,一、用clustalX软件对已知DNA序列（如下）做多序列比对。 gi|19528653; gi|114556512 gi|73976978; gi|114052578 gi|40789179; gi|18426825 gi|118094524; gi|47085714 gi|45552646; gi|158295905,操作步骤,1.双击进入ClustalX程序，点击FILE进入Load sequence，打开DNA.seq文件。,2.点击Alignment，在默认alignment parameters下，点击Do complete Alignment。,3.点FILE进入Sa
3、ve sequence as，在format框中选PHYLIP，文件在PHYLIP软件目录下以homol.phy存在，点击OK。,4.将phylip软件目录下的homol.phy文件拷贝到exe文件夹中。,二、用PHYLIP软件推导进化树 1.进入EXE文件夹，点击Seqboot软件输入homol.phy文件名，回车后，输入R更改参数，更改重复数字为100。,输入奇异种子为3，程序开始运行，并在exe文件夹中产生outfile。,2.把文件outfile改为infile，点击dnadist程序，输入M更改参数，输入D选择data set。输入100，输入Y确认参数，程序开始运行。,将outfi
4、le文件名改为infile，为避免与原先infile文件重复，将原先文件名改为infile1.,3.在exe文件夹中选择通过举例矩阵推测进化树的算法，点击neighbord程序。输入M更改参数，输入D选择data set，输入100,输入奇异种子3,输入Y确认参数。,程序运行结束后，在exe文件夹中产生outfile和outtree两个结果输出。Outtree文件是一个树文件，可以用treeview等软件打开。Outfile是一个分析结果的输出报告，包括了树和其他一些分析报告，可以用记事本直接打开。部分结果如下：,4.将outtree文件名改为intree，点击drawtree程序，输入fon
5、t1文件名，作为参数。输Y确认参数，程序开始运行，并出现tree preview图。,5.点击drawgram 程序，输入font1文件名，作为参数。输入Y确认参数，程序开始运行，并出现tree preview图。,6.将exe文件夹中的outfile文件名改为outfile1，以避免被新生成的outfile文件覆盖。点击consense程序，输入Y确认设置。Exe文件夹中新生成outfile和outtree。,7.将exe文件夹中的intree文件名改为intree1，将outtree改为intree。点击drawtree程序，输入font1文件名，作为参数，输入Y确认参数。程序开始运行，并出现tree preview图。,8.点击draw个ram程序，输入font1文件名，作为参数，输入Y确认参数。程序运行，并出现tree preview图。,
