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1、浪潮集群使用规范,Inspur group,集群的软硬件配置,Inspur group,集群物理拓扑图,Inspur group,图例：,图例：,Inspur group,内容提要,账号的申请和使用 登录、退出系统连接 属主目录使用 计算任务投放 存储空间使用 软件安装及使用规范 关机和启动 维护人员联系方式,二：登录、退出系统连接,1. 登录方式 SSH： 缺省提供，该登录方式有一定强度的加密安全保证 软件可以使用Putty等 2. 文件上传与下载 SFTP： 缺省提供，暂不提供FTP方式 软件可以使用SecureFX、WinSCP等 3. 登录系统后的必要操作 使用mail命令，检查系统发
2、送给用户的通知和信息 在属主目录下使用命令 du -kh | sort -n ，查看异常或较大的文件，并做相应的清理,Inspur group,二：登录、退出系统连接,4. 长时间误操作，请结束访问，避免占用系统资源 5. 结束系统访问必要操作 非停电、断网等意外设备故障导致，严禁在终端上直接关闭访问窗口或直接关闭终端电源实现结束系统访问。 SSH访问必需主动使用exit命令一到多次确保最终结束连接。,Inspur group,登陆天梭集群系统 ssh -l (your count) 202.127.207.132 第一次登陆设置环境变量 vi /.bashrc source /opt/int
3、el/impi/3.1/bin64/mpivars.sh source /opt/intel/cce/10.1.021/bin/iccvars.sh source /opt/intel/fce/10.1.021/bin/ifortvars.sh source /opt/intel/mkl/10.2.2.025/tools/environment/mklvarsem64t.sh 保存退出后 source /.bashrc 使用命令 du -kh | sort -n ，查看异常或较大的文件,2020/7/21,Inspur group,二：登录、退出系统连接,三：属主目录使用,1. 属主目录为登录
4、后缺省进入的目录： /home/ 2. 属主目录用于系统存放管理用户的登陆和所使用软件配置文件，严禁用户随意存放执行程序的临时文件和非相关的文件，避免占用和耗费宝贵的系统存储资源，影响登陆连接服务。每次登陆后在属主目录下使用命令 du -kh | sort n主动检查。异常或较大的文件并作相应清理。 3. 属主目录可以安装个人所需软件，如果软件所占空间较大，请联系管理员，修改属主目录文件配额。,Inspur group,四：计算任务投放,1.不论任务有多紧急，请务必先检测提交程序的正确性以及资源占用的合理适度，通过小批量测试数据预估占用CPU、内存和存储资源，强烈建议进行代码优化以减少CPU、
5、内存、I/O资源占用，及时释放申请的内存，优化文件目录读写访问等I/O功能，避免资源和计算时间的浪费。 2. 大规模资源占用(占用实际内存超过1/4)或紧急任务时务必先联系管理员协调。 3. 计算任务提交后，应注意定时查看自己任务状态，当需要杀死自己进程或删除任务时，以用qdel命令, 如果无法删除必要时联系主机组协助。 4. 应及时清除临时文件和计算中程序设计生成的监控跟踪记录文件。临时性文件存放不要超过三个月。重要数据应打包或再压缩存放。 5. 不能在属主目录（登陆目录）下存放任务临时文件，必须在工作目（lustre）录中存放临时文件。 6. 不能在登陆节点上直接运行任务，只能在登陆节点做
6、简单的 vi编辑、查看、管理自己的数据以及程序。 7. 刀片节点单个任务不能超过24GB内存。大内存任务投放至fuque上。,Inspur group,PBS基本组件 pbs command:用于提交、监视、修改和删除作业。 pbs server: 提供基本的批处理服务，例如接收/创建一个批处理作业，管理维护作业队列，管理输出结果等。 pbs mom:是一个守护进程，从pbs server处接收作业后放入其执行队列中等待执行。 scheduler(maui): 对用户提交的作业进行调度,Inspur group,四：计算任务投放,Torque应该如何使用? 熟悉Torque提供的几个命令 编写
7、作业提交脚本 了解使用注意事项 PBS命令 qsub 作业提交脚本 qstat 参数 qdel 作业号,Inspur group,四：计算任务投放,PBS命令详解 提交作业的命令 qsub 作业提交脚本 此命令执行后,会给出个作业号 查询作业命令 qstat 参数 其中参数可为: -q 列出系统队列信息 -Q：列出队列的一些限制信息 -an：列出队列中的所有作业 -r：列出正在运行的作业 -f jobid：列出指定作业在信息 -Qf queue：列出指定队列的所有信息 -B：列出PBS服务器的相关信息,Inspur group,四：计算任务投放,PBS命令详解 作业删除命令 qdel 作业号
8、其中作业号为qsub提交后系统所给出的一个号码 注意事项 1、非root用户只能查看、删除自己提交的作业 2、在提交作业时一定要根据自己的使用的机器数估算内存，把其写进作业提交脚本里。 3、root用户无法提交作业 4、检查PBS脚本是否正确，任务投放到testque上,Inspur group,四：计算任务投放,Inspur group,四：计算任务投放,作业脚本的编写 基本参数 #!/bin/bash #PBS -d /lustre/ISSP2/dyliu/workdir #PBS -o /lustre/ISSP2/dyliu/output #PBS -e /lustre/ISSP2/dy
9、liu/error #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -l walltime=240:00:00 #PBS -l mem=4gb #PBS -q allque,Inspur group,四：计算任务投放,配置MPI环境(VASP) ulimit -s unlimited source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/iccvars_intel64.sh source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh source /opt/intel/
10、mkl/10.2.2.025/tools/environment/mklvarsem64t.sh source /opt/intel/impi/3.1/bin64/mpivars.sh EXEC=/opt/issp2/vasp_4.6.28,Inspur group,四：计算任务投放,配置MPI环境(VASP) NP=cat $PBS_NODEFILE | wc -l NN=cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$ | wc -l cat $PBS_NODEFILE /tmp/nodes.$ sed -i s/$/-ib:8/ /tm
11、p/nodes.$ mpdboot -n $NN -f /tmp/nodes.$ -r ssh mpiexec -genv I_MPI_DEVICE rdma -machinefile /tmp/nodes.$ -n $NP $EXEC mpdallexit rm -f /tmp/nodes.$,Inspur group,四：计算任务投放,配置环境wien2k alias lsi=ls -aslp *.in* alias lso=ls -aslp *.ou* alias lsd=ls -aslp *.def alias lsc=ls -aslp *.cl* alias lss=ls -aslp
12、 *.sc* alias lse=ls -aslp *.error alias pslapw=ps -ef |grep lapw alias cdw=cd $curdir export EDITOR=xterm -e vi export SCRATCH=$curdir,Inspur group,四：计算任务投放,配置环境wien2k export WIENROOT=/opt/issp2/wien2k export W2WEB_CASE_BASEDIR=$curdir export STRUCTEDIT_PATH=$WIENROOT/SRC_structeditor/bin export PDF
13、READER=acroread export PATH=$PATH:$WIENROOT:$STRUCTEDIT_PATH:. export OCTAVE_EXEC_PATH=$PATH: export OCTAVE_PATH=$STRUCTEDIT_PATH: export PATH=$PATH:$WIENROOT:. ulimit -s unlimited alias octave=octave -p $OCTAVE_PATH,Inspur group,四：计算任务投放,配置环境wien2k EXEC=/opt/issp2/wien2k/runsp_lapw -ec 0.00001 -cc
14、0.00001 -i 400 -p cat $PBS_NODEFILE nodelist.$ sed -i s/$/-ib/ nodelist.$ echo # .machines echo granularity:1 .machines echo lapw0:sed -n 1p nodelist.$ .machines for i in cat nodelist.$ do echo 1:$i .machines done echo extrafine:1 .machines rm -f nodelist.$ $EXEC,Inspur group,四：计算任务投放,配置环境Gaussian e
15、xport GAUSS_EXEDIR=/opt/issp2/g03 export g03root=/opt/issp2/ export PATH=/opt/issp2/g03:/opt/issp2/g03/linda7.2/opteron-linux-I8/bin:$PATH export GAUSS_SCRDIR=/lustre/ISSP2/dyliu/g03tmp export LINDA_PATH=/opt/issp2/g03/linda7.2/opteron-linux-I8 source /opt/issp2/g03/bsd/g03.profile /opt/issp2/g03 $F
16、ILENAME,作业脚本注意事项 为减少资源消耗，系统配置采用autofs，20分钟无操作，即会卸载目录，因此，在脚本中，需使用绝对路径，保证任务可以正常运行 作业脚本参考 VASP Wien2k g03 castep dmol3 espresso,Inspur group,四：计算任务投放,Inspur group,提交作业,查询作业(1),四：计算任务投放,作业管理,查询作业(2),Inspur group,查询作业(3),作业管理,四：计算任务投放,删除作业,Inspur group,作业管理,四：计算任务投放,五：存储空间使用,1. 系统使用lustre并行文件系统提高I/O性能，作为工作目录，由于其承载压力较大，容易出现硬盘故障，因此，该目录只存放计算中的临时文件，请及时将结果文件备份回属主目录中。 2. 属主目录只允许存放最终结果文件，严禁将运算临时目录指向属主目录，如违规操作，造成属主目录损坏，管理员有权追究其责任。 3. 属主目录有磁盘配额限制
