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1、Vector NTI 7.0 Users Manual软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学）前言（Introduction）1. 程序附带的数据库（Vector NTI database）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷酸、凝胶mark。此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，用户可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。2. 创建新分子（有四种方法）A 用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII等格式输入DNA或氨基酸。B 手工粘帖，然后保存到数据库中C 从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键D
2、从DNA或RNA分子的编码区翻译成蛋白质3. 关于新分子的序列特征图谱：利用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA等格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑第一章Chapter 1Tutorial: Display Windows（显示窗口）目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作 1.登录Vector NTI安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点OK。这样DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers将组成NTI的数据库。并出现下列两个
3、窗口。 2. 观察出现的 Vector NTI 工作窗口 和 Database Explorer窗口上面的第一个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具条两栏，移动鼠标到工具栏任意选项处，鼠标自动显示每个工具条的功能。第二个窗口为exlporinglocal vector NTI database,显示的是上次打开的DNA/RNA或蛋白分子。3. Create a Display Window for pBR322激活exlporinglocal vector NTI database窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到pBR322分子并双击打开。显示如下窗口： 4.
4、观察 pBR322 显示窗口上面的窗口由文本区（对分子信息的文字描述，双击文件夹可以看到）、图形区（标住限制性内切酶位点等）和序列区（全序列及酶切位点）三个部分组成。 5. 显示窗口的管理（通过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区的相对大小） 6. 转换 pBR322s 图形区：在工具栏左边的active pane右侧有三个按钮，用鼠标点当中那个（graphics pane） 7. 对 pBR322s 结构图进行操作：用户可以尝试点击、，此时图形的大小会发生变化。选区设定：菜单Editset selection,输入100bp1000bp,然后OK.可以看到选取在图形中用扇型框圈了起来.将鼠标移到
5、选取的5端,可以看到,通过拖拉可以延长或缩短选区范围,同样在3端也能做到。如果用户一次只想移动一个碱基用直接拖拉就可能不方便，假如用户想在5端移动一个碱基，首先将鼠标放到处，然后按住shift和键盘右侧的或箭头，则按一次箭头移动一个碱基距离。如果一次想移动10个碱基，则同时按住shift+ctrl+箭头。如果用户只是粗略选择，可以直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。将鼠标移到图的TCr处，此时鼠标箭头变成，并显示TCr代表的含义，如果用户此时按下鼠标，则TCr的编码区将被选中。 8. 检查 pBR322s nucleotide 序列移动标尺，尽可能将更多的PBR322序列显示出来，并点击序列中任
6、何一处。现在对序列显示的样式进行设定：点击（Display Setup）按钮，显示molecular display setup对话框：用户可以对序列的颜色、大小、10个一组显示还是15个一组（默认是10个碱基一组），结构图的颜色、限制酶切图谱（注意刚开始显示的PBR322上限制酶并不多）、ORF、Motif等进行设置。现在我们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色，显示全部PBR322的酶切图。操作如下：在刚才的窗口中点restriction map下面的RMap setup按钮，在出现的对话框中点Add,再在出现的对话框中点select all，然后OK。点sequence下面的sequenc
7、e setup,可以看到序列长度的设置等，在color栏中选green,一路点OK。此时显示如下：我们发现限制酶是大大的多了，不过美中不足的是序列显示的是两条链（正链和互补链），实际上一条链就够了，还有最好再和编码的氨基酸一切显示。这好办：先选中全序列（Ctrl-A），看到工具条中的（Translate Direct）图标了没，点它。哈哈果然翻译成功了。不要忘了看左右两侧的图标哟，点点看。（注意用户在发表文章的时候，一般在文章中发表自己克隆或表达的DNA序列，在DNA序列下面还有氨基酸序列，哈哈，这不帮你做到了。什么？内切酶怎么去掉，刚才你怎么加上去的就怎么解除吧，看看我下面的图不就是办到了）
8、：9. 对 pBR322s text 文本描述进行操作拖动标尺，使文本区尽可能拉大。选中Restriction Map文件夹，然后找到工具条中的Expand Branch按钮，点它。其实这和双击restriction map文件夹是一样的，都是打开的意思，还有它左边的按钮。在找到Feature Map 文件夹，然后按 按钮。看到TC(R)了没，记住它。这是一个四环素抗性基因，在第7章中将详细叙述如何将这段基因克隆到载体PUC19中。10. 将 pBR322s 文本区和图区、序列区连接起来（可以让你一个一个的细细品位PBR322的每个细小结构，全部看可能会眼花，那就一个一个的看吧）激活文本区，然
9、后找到（Link Panes）按钮，点它。完了，PBR322的图区上的任何标记都没了，成了一个圆圈。还有，序列区的酶切标记也没了。哈哈，不用急，先点文本区的Restriction Map文件夹，然后点按钮打开文件夹里面的分支。现在看看，酶切标记又重新显示出来了。激活图形区，找到（Standard Arrangement）按钮了没，点它。会发现酶切图谱显示的方式和刚才不一样了，这是标准方式。在文本区中选中feature map文件夹，点打开，发现图形又变了。依次关掉feature map中的其他文件夹，只留TCR，此时图中只有TCR一个标记了。最后别忘了再点一下链条，发现图又回到原样。如下图：（
10、看看上面的时钟都23：12了，该睡觉了），明天继续。11. 打印 pBR322s 文本description, 图形 map, 和序列 sequence打印文本：先激活文本区，（就是active pane右边的第一个按钮，或者直接用鼠标在本文区点一下），然后按expand branch按钮打开文本区内的所有文件夹，然后点打印。同样要想打印图形或序列，先激活其所在的选区，然后按打印机图标即可。 12.为 41BB_HUMAN创建显示窗口点击窗口下面的exploringlocal vector NTI database图标，打开打开Explorer窗口，点击窗口左上角的下拉式菜单，选Protein
11、 Molecules (MAIN)数据库。找到41BB_HUMANs并双击。打开窗口如下：窗口显示结构和DNA序列的显示窗口一致，也包括文本区，图形区和序列区三部分。菜单和工具条也基本一样。在文本区中双击Analysis文件夹，则蛋白自动分析结果以表格的形式在下面显示出来。下面我们把这两个表格拷贝到word文档中，先用shift+鼠标将两个表格选中，然后点工具条中的照相机（camera）命令，在出现的对话框中可以看到序列的range中的selection已被选中，点Copy.，然后打开一个word文档，粘帖（ctrl-V）,则表格被完整的拷贝到word文档中了。如下所示：Length255 a
12、aMolecular Weight27897.66 m.w.1 microgram =35.845 pMolesMolar Extinction coefficient112501 A280 corr. to2.48 mg/mlA280 of 1 mg/ml0.40 AUIsoelectric Point8.13Charge at pH 73.72Amino Acid(s)Number count% by weight% by frequencyCharged (RKHYCDE)8336.6832.55Acidic (DE)2510.859.80Basic (KR)2914.4311.37Po
13、lar (NCQSTY)9034.0835.29Hydrophobic (AILFWV)6727.0626.27A Ala113.024.31C Cys259.339.80D Asp114.514.31E Glu146.345.49F Phe168.146.27G Gly214.858.24H His20.960.78I Ile72.832.75K Lys135.855.10L Leu218.488.24M Met31.381.18N Asn124.884.71P Pro186.387.06Q Gln125.404.71R Arg168.586.27S Ser227.128.63T Thr17
14、6.246.67V Val113.974.31W Trp10.630.39Y Tyr21.120.78B Asx239.399.02Z Glx2611.7410.20X Xxx00.000.0013. 为1B14_HUMAN创建显示窗口重新回到exploringlocal vector NTI database窗口，找到1B14_HUMAN分子并双击打开。如下图：注意该蛋白分子图形上的各种特征显示的十分紧凑，大有眼花缭乱的感觉，为了方便起见，我们可以按刚才介绍的link命令来逐一显示各个feature。操作方法和DNA分子一致。关闭窗口，结束，当最后一个窗口关闭是屏幕提示this will e
15、nd your vector NTI session,点确定（OK）关闭。第二章：Chapter 2Tutorial: Molecule Operations分子操作目的：对pBR322 的 general data, feature map, and sequence进行编辑（注意蛋白质和DNA分子的操作是一样的）1. 登录Vector NTI程序（刚刚说完，不用再教了吧）2. 打开 pBR322的显示窗口（再罗嗦一遍吧，程序vector NTIExploring local vector NTI Database DNA/RNA Molecules (MAIN)PBR322，双击。）3. 对 pBR322s 的常用数据（general data）进行编辑在文本区的最上面，双击PBR322名字，弹出下面窗
