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1、1,第十四章,基因重组和基因工程 Genetic Recombination and Genetic Engineering,Xiu-feng Gao West China School of Preclinical and Forensic Medicine, Sichuan University,2,一、自然界的基因转移和重组：接合作用，转化、转导作用，噬菌体DNA的整合, 细菌的特异位点重组，转座重组，同源重组，插入序列的结构特点，转座子的结构特点。 二、重组DNA技术 相关概念： 克隆，基因工程,工具酶,目的基因,基因载体 基本原理和过程： 目的基因的获取,克隆载体的选择和构建,外源基
2、因与载体的连接,重组DNA的导入,重组体的筛选,克隆基因的表达。,主要内容,3,第一节 细菌的基因转移和重组 Bacterial Gene Transfer and Recombination,.接合作用（conjugation） 当细胞与细胞、或细菌通过菌毛相互接触时，质粒DNA就可从一个细胞（细菌）转移到另一个细胞（细菌），这种类型的DNA转移称为接合作用。,质粒 细菌染色体外的小型环状双链DNA分子,一、细菌的基因转移,4,F factor: 含有细菌性鞭毛蛋白的编码基因.,6,溶菌生长途径(lysis pathway)： 噬菌体感染宿主时，噬菌体DNA在宿主内迅速增殖，产生新的病毒颗粒
3、，溶解细菌，释放出新生噬菌体。,溶源菌生长途径 (lysogenic pathway)： 噬菌体感染宿主时，噬菌体DNA整合进宿主染色上，随宿主复制而复制。,当遇到DNA损伤时，噬菌体（原噬菌体）从宿主菌（溶原菌）染色体上脱下来，进入溶菌生长途径。,转导作用 （transduction）,7,3. 转导作用（transduction）,当病毒从被感染的（供体）细胞释放出来、再次感染另一（供体）细胞时，发生在供体细胞与受体细胞之间的DNA转移及基因重组即为转导作用。,8,二、 DNA重组 ( DNA recombination),同源重组 (homologous recombination),特
4、异位点重组 (site-specific recombination),定义：不同DNA分子间发生的共价连接或DNA分子内较大片段的交换称为重组或重排。,转座重组 (transposition recombination),自然界的基因转移和重组,9,发生在同源序列间的重组称为同源重组(homologous recombination)，它通过链的断裂和再连接，在两个DNA分子同源序列间进行单链或双链片段的交换，又称为基本重组。 是最基本的DNA重组方式:,以E.coli的同源重组为例，了解同源重组机制。,（一）同源重组,10,Holiday中间体,11,Holiday中间体,片段重组体,拼接
5、重组体,C,12,同源重组关键步骤, 同源联会的两个DNA分子的任意一个DNA出现单链切口； 两个单链对接，形成半交叉； 半交叉分支移动(branch migration)产生异源双链DNA； 形成Holliday中间体，Holliday中间体的变构和拆分。,片段重组体(patch recombinant) 切开的链与原来断裂的是同一条链，重组体含有一段异源双链区，其两侧来自同一亲本DNA。,拼接重组体(splice recombinant) 切开的链并非原来断裂的链，重组体异源双链区的两侧来自不同亲本DNA。,13,（二）位点特异重组 位点特异重组(site-specific recombi
6、nation) 是由整合酶催化，在两个DNA序列的特异位点间发生的整合。,整合酶(intergrase, Int)： 是噬菌体DNA编码的产物，是一种DNA结合蛋白，对噬菌体的的重组位点attP有强的结合力，催化attP和细菌重组位点attB之间的重组。,整合宿主因子(intergration host factor, IHF):细菌编码的产物。,切离酶(Xis): 噬菌DNA编码的产物.,1. 噬菌体DNA的整合,14,噬菌体DNA的整合,15,2.细菌的特异位点重组,沙门氏菌H片段倒位导致鞭毛相转变 导致H1抗原和H2抗原的交替表达,16,H片段有两个特异重组位点（hix） 为反向重复序列
7、 H片段上有两个启动子P 其一驱动hin基因表达 H片段可在Hin和Fis控制下进行特异位点 重组(倒位)。 另一正向时驱动H2和rH1基因表达 rH1为H1的阻遏蛋白基因。 H片段反向(倒位)时H2和rH1不表达，H1表达。,H片段倒位导致鞭毛相转变要点,17,3.免疫球蛋白基因的重排,免疫球蛋白(Ig)，由两条轻链(L链)和两条重链(H链)组成，分别由三个独立的基因族编码，其中两个编码轻链(和)，一个编码重链。,RSS,RSS,RSS,18,重链(IgH)基因的V-D-J重排和轻链(IgL)基因的V-J重排均发生在特异位点上。在V片段的下游，J片段的上游以及D片段的两侧均存在保守的重组信号
8、序列(recombination signal sequence, RSS)。此重排的重组酶基因rag (recombination activating gene)共有两个，分别产生蛋白质RAG1和RAG2。,19,V片段,J片段,RSS,RSS,间插DNA,OH,OH,分子内转酯反应,单链切开 转移核苷酸 修复、连接,免疫球蛋白基因重排过程,目 录,V片段,J片段,20,（三）转座重组(transposition recombination) 定义：由插入序列(insertion sequences,IS）和转座子(transposons)介导的基因转移或重组。,（1）IS转座,IS转座发
9、生形式： 保守性转座：IS由原位到新位。 复制性转座：IS复制后，复制本迁到新位到， 另一个留在原位。,IS特征：IS两侧有二个分离的反向重复序列(inverted repeats, IR) 一个转座酶（transposase)编码基因 IS插入靶位点的两侧产生正向重复序列（derect repeat, DR）,IR,Transposase Gene,IR,DR,DR,21,IS,靶位点,靶位点粘性末端切割,IS和靶位点共价连接,复制修复缺口形成DR,IS保守性转座,IR,IR,IR,IR,DR,DR,IS,22,插入序列的复制性转座,23,可从一个染色体位点转移到另一位点的分散重复序列。 转
10、座子组成：反向重复序列 转座酶编码基因 抗生素抗性等有用的基因,（2）转座子转座,24,25,第二节 重组DNA技术,重组DNA技术是对携带遗传信息分子进行设计和改造的分子工程，包括基因重组、克隆和表达。也就是人工操作基因的过程。,实现基因克隆所用的方法及相关的工作称基因工程，又称重组DNA工艺学。,26,一、重组DNA技术相关概念,克隆(clone) 来自同一始祖的相同副本或拷贝的集合。 获取同一拷贝的过程称为克隆化(cloning)，即无性繁殖。,技术水平：分子克隆(molecular clone) 即DNA 克隆 细胞克隆 个体克隆（动物或植物）,27,目的 分离获得某一感兴趣的基因或D
11、NA 获得感兴趣基因的表达产物（蛋白）,DNA克隆 (DNA cloning) 应用酶学的方法，在体外将各种来源的遗传物质（同源的或异源的、原核的或真核的、天然的或人工的DNA）与载体DNA接合成一具有自我复制能力的DNA分子复制子(replicon)，继而通过转化或转染宿主细胞，筛选出含有目的基因的转化子细胞，再进行扩增提取获得大量同一DNA分子，也称基因克隆或重组DNA (recombinant DNA) 。,28,（二）工具酶,29,限制性核酸内切酶 (restriction endonuclease, RE),型酶 型酶,识别位点与切割位点不一致； 没有固定的切割位点； 不产生特异性片
12、段；,型酶,识别位点是特异的； 切割位点位于识别位点中或附近； 产生特异性片段； 是最常用的工具酶。,功能：能特异水解双链DNA的磷酸二酯键。,有特异切割位点； 切割位点在识别位点以外；,30,第一个字母取自产生该酶的细菌属名，用大写； 第二、第三个字母是该细菌的种名，用小写； 第四个字母代表株或型； 用罗马数字表示发现的先后次序。,Hind ,Haemophilus influenzae d株 流感嗜血杆菌d株的第三种酶,限制性核酸内切酶命名,31,限制性核酸内切酶(restriction endonuclease, RE),定义：是识别DNA的特异序列, 并在识别位点或其周围切割双链DNA
13、的一类内切酶。,作用特点：识别序列有特异性； 大多数识别位点具有回文结构 酶解后产生特征性切口 平端切口 5末端突出粘性末端切口 3末端突出粘性末端切口,32,形成特征性切口,33,1. 大多数酶是识别顺序不同，切割方式也不同。 2.同尾酶：有些限制性内切酶虽然识别序列不完全相同，但切割DNA后，产生相同的粘性末端，称为同尾酶。这两个相同的粘性末端称为配伍未端。,34,3.同功异源酶 来源不同的限制酶，但能识别和切割同一位点，这些酶称同功异源酶。,35,4.有些酶识别顺序相同，切割方式不同，产生不同的末端。,36,（三）目的基因,感兴趣的基因或DNA序列，又称目的DNA（target DNA）
14、或外源DNA.,1. 化学合成法 2. 基因组DNA文库(genomic DNA library) 3. cDNA文库(cDNA library) 4. 聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR),37,1. 化学合成法,将要合成的DNA片段3端的第一个核苷酸固定在固相载体上； 加入第二个核苷酸进行缩合反应； 清洗； 进行循环反应； 每次只能合成80 个碱基，超过此范围的就要分段合成。,优点：合成速度快、准确性极高 适用：PCR引物、寡核苷酸探针、 人工接头、小基因片段合成。,38,组织或细胞染色体DNA,基因片断,克隆载体,重组DNA分子,每个细菌都含一个重
15、组DNA分子的多个拷贝,限制性内切酶,受体菌,基因组DNA文库 存在于转化细胞内由克隆载体所携带的所有基因组DNA的集合。,2.从基因组DNA文库获取目的基因,目 录,39,限制酶切位点,限制酶消化,除去中间片段,cos L,R cos,R cos 右臂,限制酶部分消化,外源DNA与载体DNA混合,连接反应,体外包装,用重组噬菌体 感染大肠杆菌,cos L,R cos,目 录,cos L 左臂,20 Kb 外源 DNA 片段,40,3.从cDNA文库获取目的基因,41,4.聚合酶链反应(PCR),94变性 5min,55退火,70引物延伸,第 一 个 循 环,25-30次循环后目的DNA可扩大
16、100万倍,template DNA,42,（四）基因载体,43,1. 质粒 (plasmid),特点 能在宿主细胞内独立自主复制；带有某些遗传信息, 会赋予宿主细胞一些遗传性状。,是存在于细菌染色体外的小型环状双链DNA分子。,44,载体的选择标准,有自身复制子，在宿主细胞内能自主复制并能使目的DNA片段同步扩增； 具有多个单一酶切位点，称为多克隆位点； 有可供选择的遗传标记，便于重组体的筛选和鉴定； 分子量尽量小，以容纳较大的外源DNA。 考贝数要高 表达载体要具备使目的基因表达的完整转录单位,45,是由一系列大肠杆菌质粒DNA经重组技术构建的克隆载体。 1.有一个复制起点，能够独立复制； 2.有很多单一酶切位点，可供目的基因插入； 3.有选择标记，氨苄和四
