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1、 By 杂 z 交 ji o 粳 j ng 稻 d o 2012 1 12 根据目的不同 图示基因型有两种常见的制作方法 一 使用软件 GGT 使用方法可以查看 Menu 当然这里还是要简要介绍一下的 这种方法通常用于查看作图群体 比如 RIL F2 的图示基因型 其中的染色体 连锁群 的长度是根据你所使用的标记构建的连锁群确定的 与染色体实际的长度并不同 下面以水 稻为例介绍 1 打开打开 GGT 软件软件 首先弹出下面这个窗口 这时你可以打开已经做好的 ggt 格式的文 件 查看图示基因型 也可以制作 ggt 格式的文件 一下内容主要介绍 ggt 格式文件的制作 2 打开打开 file 选
2、择其中的 Build GGT file 弹出下面的窗口 3 点击点击 Load marker maps 输入 map 文件 Map 文件格式如下 Map 文件实际就是染色体的信息 标记及其对应的遗传距离的信息 在 txt 文档中保存 然后把后缀名改成 map 就行啦 4 这时原来灰色显示的 Load Locus data 变的可选 点击它 输入 loc 文件 Loc 文 件格式如下 Loc 文件其实就是你跑胶的结果 5 点击 Merge data ggt 文件就做好了 然后保存就可以啦 输出的 ggt 文件如下 6 用 GGT 软件打开就可以浏览这个群体的图示基因型了 二二 手工制作图示基因型
3、手工制作图示基因型 下面介绍一种适用于 NIL 或其他类似用途的图示基因型做法 这种方法做出的图示中染色体的长度可以由你自己定 通常我们根据染色体的实际大小 来做 下面仍然以水稻 NIL 为例 假设这个 NIL 的 8 号染色体的 50cM 出有个目标基因 我 们需要做的就是把这个位点在 12 条染色体中表示出来 1 确定染色体的长度 水稻各条染色体的长度如下 大致的长度 Chr 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 cM 181 8 157 9 166 4 129 6 122 3 124 4 126 3 118 6 121 2 93 5 83 8 109 5 2 打开 EXC
4、EL 规定 1 个小格为 10cM 当然你也可以规定 1 个小格为 1cM 这个主要根据 需要而定 很明显 一个小格代表的遗传距离越小 做出的图示基因型越精确 对于 1 号染 色体 181 8 的长度 我们就需要 18 个小格就可以啦 各染色体以此类推 其中有一个要注意的是每条染色体都有两条染色单体 因此我们在制作的时候每天染色体都 用两列 由于除 8 号染色体外都不需要目标标记 因此 8 号染色体以外的其他 11 条染色体 就可以合并单元格了 如下图 3 由于 8 号染色体 50cM 出有个目标标记 因此我们在 8 号染色体的第 5 个小格处把背景 改成黑色 其他部位就可以合并单元格了 如下
5、图 4 现在把各条染色体分开 每条染色体之间插入列就行啦 为了美观 把代表染色体的单 元格的宽度调为 2 如下图 5 把代表染色体的单元格的背景改成粉色 染色体之间的单元格合并 同时把染色体的名 字去掉 这一步纯属美观 如下图 哎呀 还要记得把代表染色体的单元格的边框变 成实线哦 这一步最好在第 4 步做 我也懒得修改啦 哈哈 6 现在图示基因型已经初见端倪啦 似乎不美观 如果你把列宽调成 0 92 你会有惊奇的 发现 接下来做的就是用截图工具把这个粗糙的图示基因型剪下来 在作图工具 windows 附 件里的 画图 工具就行 中把虚线涂掉就可以啦 最后的效果图如下 structure 软件的
6、作用 分析一个品种个体分成几个亚群类似分 成几个亲缘关系的群体 目的是将一个品种的所有单株分成几个亚群 structure 软件 防止出现假阳性 只用分子数据 Q 值 将个体 Q 作为协变量 回归系数 Tassel2 0 软件 用表型数据和分子数 据 GLM 回归方程式 ai 选择优异的等位变异 为优异 关联标记 后 利用所有该带型的植株的性状平均值减去所 有不含该带型的植株的平均性状值 正值为优异 的 关联分析关联分析 structurestructure 软件的使用步骤软件的使用步骤 一 file new project step1 name the project 自定 目录 文件夹 准
7、备存放位置 打开 数据 文件 固定格式 step2 个体数 群体 倍性为 2 标记数 缺失的带 写 9 step3 选第一个 用行表示标记的名称 excel 格式中行为标记名称 step4 都不选 直接点 finish 点 proceed 后出现数据框 二 点 parameter set 参数设置 new run length 1 50000 2 100000 这是习惯设置 可自行设置 但不能小于 50000 ancestry model 选 use admixture model 混合模型 allele frequency model 选第 二个 independence 独立的等位基因的频
8、率 advanced 选第一个 compute ok 自己设定 一个参数设定名称 三 点 project start a job 选中所要运行的数据 前面输入 的 填写 stepKfrom2 到 10 可写 5 到 20 start 开始运行 四 点 view 选 simulation summary 结果中 parameter set 参数名称 Run name 运行名称 只看 P D 列 在该列中选最大值 后根据 run name 的号 即 K 值 打开结果文件 用写字板格式打开 看 Q 值 把 miss 列 指缺失标记数 与 列去掉 后面向前移 Q 值为矩阵 复制到 excel 中后转化
9、为 txt 注意 其中的间隔要用 tab 键 不要用空格键 将 Q 值存成 txt 格式 将其命名为 Pop structure txt 自定 在 structure 软件中的格式 转成 txt 后将 A 列删掉 最大化 点 poly 打开 diaploid SSR 工作表 分子数据与前 structure 软件格式不一样 群体数 95 标记数 93 点左侧栏 genotype 点工具栏 A a Genotype 选最下面 eg A a Aa 在左侧栏出现 GenostatesGenostates I I 基因型状态 选中 点工具栏 中 trait 选 six traits txt 左侧栏 p
10、hentypes 出现 6 6 traits envivontraits envivonIIII 选中 点工具栏 pop 选 pop structure txt 打开 左侧栏 pop structure 下出现 6 6element Qelement QIIIIII 同时选中 I I IIII IIIIII 点 join 后在左侧栏 fusions 列中出现 I I IIII IIIIII 选中 I I IIII IIIIII 后点工具栏 analysis 再点 GLM 若有多个 Q 值时 则前 面全选 covariate 最后一个选 exclude 性状全选 data 选 define output 选 define ftests 中的 marker residnal 0 将 permutation 的 0 值改为 1000 结果为表型变异结实率 点左侧栏 I I IIII IIIIII 选左栏 association 中的 I I IIII IIIIII 将数据导出点 result table export Tab 命名 后用 excel 打开该文件 最后一列 为贡献率 p marker 支持连锁不平衡的概率 LD 图的做法 点 genstates 左侧栏 选左侧栏 LD 栏的 LD diploid result LDplot save JPG
