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1、Vector NTI User Manual 1 源資國際生物科技股份有限公司 Copyright 2003 All right reserved Vector NTI User s Manual 前言 前言 INTRODUCTION 3 第一章第一章 DISPLAY WINDOWS 4 一 顯示 DNA 序列及圖形 5 二 顯示蛋白質序列的方式 10 第二章第二章 MOLECULE OPERATIONS 13 一 對 PBR322 S 的常用資料 GENERAL DATA 進行編輯 13 三 插入新的序列片段 15 四 編輯 TC R 圖示 16 五 刪除 P2 P 標示 並加入新的序列特徵
2、標示 17 六 修改 MY PBR322 的起始座標 18 第三章第三章 GRAPHICAL REPRESENTATION 19 一 爲PBR322 圖形建立一個展示視窗 19 二 修改圖形的自動排列設置 19 三 修改圖形的編碼區信號 CDS SIGNALS 設置 19 四 打開圖片編輯方式 20 五 修改 TC R 圖形 20 六 加入註解注釋 22 七 將PBR322 分子顯示結果保存到文檔文件中 22 第四章第四章 BLAST SEARCH AND BLAST VIEWER 24 一 簡介 24 二 BLAST 搜尋視窗 24 三 BLAST SEARCH RESULTS 28 四 S
3、AVING BLAST SEARCH RESULTS 29 Vector NTI User Manual 2 源資國際生物科技股份有限公司 Copyright 2003 All right reserved 第五章第五章 ALIGNX 31 一 開啟與執行 31 二 參數設定與調整 35 三 資料輸出與列印 39 第六章第六章 ALIGNX BLOCKS 40 一 開啟與執行 40 二 參數設定與調整 42 三 資料輸出與列印 44 第七章第七章 BIOPLOT 45 一 開啟與執行 45 二 資料輸出與列印 49 第八章第八章 CONTIGEXPRESS 50 一 INTRODUCTION
4、50 二 PROJECT EXPLORER 50 三 WORKING IN FRAGMENT WINDOW 54 四 WORKING IN THE CONTIG WINDOW 60 第九章第九章 MISCELLANEOUS VECTOR NTI TOOLS 63 一 INTRODUCTION 63 二 PUBMED ENTREZ SEARCH 63 三 CITATION VIEWER 66 附記 如何執行反安裝附記 如何執行反安裝 69 Vector NTI User Manual 3 源資國際生物科技股份有限公司 Copyright 2003 All right reserved 前言 前言
5、 Introduction 程式附帶的資料庫資料庫 Vector NTI database 包括 DNA RNA 序列 蛋白質序列 限制酶 寡核苷酸 電泳 marker 此外程式還提供資料 庫開發 Database Explorer 功能 使用者可以自己修改 添加 拷 貝感興趣的各類資料庫 建立新序列資料 有四種方法 用 GenBank GenPept EMBL SWISS PROT 或 FASTA ASCII 等格式輸入 DNA 或氨基酸序列 以 Copy Paste 方式貼入 然後存到資料庫中 從其他序列檔 linker 載體中剪切 拼接而成新序列 從 DNA 或 RNA 序列轉譯成蛋白質
6、序列 關於新序列的內部特徵圖譜 例如 CDS motif 等資訊 若是利 用 GenBank GenPept EMBL SWISS PROT or FASTA 等格式輸入的 序列 因為內含註解 所以都能直接顯示 但自己手工粘帖的沒有 需要自己編輯 Vector NTI User Manual 4 源資國際生物科技股份有限公司 Copyright 2003 All right reserved 第一章第一章 Display Windows 目的 建立顯示視窗 並對載體圖 序列及註解進行操作 1 登錄 Vector NTI 安裝後首次登錄 系統將提示是否允許將新資料填入 Vector NTI 資料
7、庫中 點 OK 這樣 DNA molecules proteins enzymes oligos and gel markers 將組成 NTI 的資料庫 並出現下列兩個窗口 2 觀察出現的 Vector NTI 工作視窗 和 Database Explorer 視窗 這個視窗爲工作視窗 由功能表欄和工具列兩欄 移動滑鼠到工 具欄任意選項處 滑鼠將會自動顯示每個工具列的功能 Vector NTI User Manual 5 源資國際生物科技股份有限公司 Copyright 2003 All right reserved 這個視窗爲 Database Explorer 視窗 local vect
8、or NTI database 顯示的是上次打開的 DNA RNA 或蛋白分子 一 顯示 DNA 序列及圖形 1 Create a Display Window for pBR322 打開 Database Explorer 視窗 local vector NTI database 視窗中 的 DNA RNA Molecules MAIN 資料庫 找到 pBR322 分子並雙擊打 開 顯示如下視窗 Vector NTI User Manual 6 源資國際生物科技股份有限公司 Copyright 2003 All right reserved 2 觀察 pBR322 顯示視窗 上面的視窗由註解
9、區 對該分子資訊的文字描述 雙擊文件夾可 以看到 圖形區 標住限制酶位置等 和序列區 序列本文及限制 限制酶切位位 三個部分組成 3 顯示視窗的管理 透過拖拉尺規 改變視窗 或每個顯示區 的相對大小 4 轉換 pBR322 s 圖形區 在工具欄左邊的 active pane 右側有 三個按鈕 用滑鼠點當中那個 graphics pane 5 對 pBR322 s 結構圖進行操作 使用者可以嘗試點選 此時圖形的大小會發生變化 選取設定 功能表 Edit set selection 輸入 100bp 1000bp 然後按 OK 可以看到 所輸入的選取區間在圖形中以扇型框圈了起來 將滑鼠移到選 取的
10、 5 端 可以看到 通過拖拉可以延長或縮短選區範 圍 同樣在 3 端也能做到 如果使用者一次只想移動一個鹼 基用直接拖拉就可能不方便 假如使用者想在 5 端移動一個 鹼基 首先將滑鼠放到處 然後按住 shift 和鍵盤右側的 或 箭頭 則可以按一次箭頭移動一個鹼基距離 如果一 次想移動 10 個鹼基 則同時按住 shift ctrl 箭頭 如果使用 者只是粗略選擇 可以直接將滑鼠移到圖中 用十字花拖動 將滑鼠移到圖的 TCr 處 此時滑鼠箭頭變成 並顯示 TCr 代表的含義 如果使用者此時按下滑鼠 則 TCr 的 coding region 將被選取 6 檢查 pBR322 s nucleot
11、ide 序列 移動尺規 盡可能將更多的 PBR322 序列顯示出來 並點選序列 中任何一處 現在對序列顯示的樣式進行設定 點選 Display Setup 按 鈕 顯 示molecular display setup對 話 方 塊 Vector NTI User Manual 7 源資國際生物科技股份有限公司 Copyright 2003 All right reserved 使用者可以對序列的顔色 大小 10 個一組顯示還是 15 個一組 原始設定是 10 個鹼基一組 結構圖的顔色 限制酶圖譜 注意剛 開始顯示的 PBR322 上限制酶並不多 ORF Motif 等進行設置 現 在我們打算把
12、序列字體的顔色由黑色變成綠色 顯示全部 PBR322 的 限制限制酶切位位 操作如下 在剛才的視窗中點 restriction map 下 面的 RMap setup 按鈕 在出現的對話方塊中點 Add 再在出現的對 話方塊中點 select all 然後 OK 點 sequence 下面的 sequence setup 可以看到序列長度的設置等 在 color 欄中選 green 一路點 OK 此 時顯示如下 可以發現所顯示的限制限制酶切位位變多了 不過美中不足的是 Vector NTI User Manual 8 源資國際生物科技股份有限公司 Copyright 2003 All righ
13、t reserved 序列顯示的是兩條股 正股和互補股 實際上一條股就夠了 還有 最好再和編碼的氨基酸一起顯示 修改的方式如下 先選取全序列 Ctrl A 點選工具列中的 Translate Direct 圖示即可將 DNA 序列轉譯成蛋白質序列 此外也可以試著點選左右兩側的圖示 若是覺得限制酶的切位會干擾顯示的情形 也可以將它去掉 如下圖 7 對 pBR322 s text 註解描述進行操作 拖動尺規 使註解區盡可能拉大 選取 Restriction Map 文件夾 然後找到工具列中的Expand Branch 按鈕 點它 其實這和雙擊 restriction map 文件夾是一樣的 都是打
14、開的意思 還有它左邊的按 鈕 在找到 Feature Map 文件夾 然後按 按鈕 可以看到 TC R 這是一個四環素抗性基因 8 將 pBR322 s 註解區和圖區 序列區連接起來 啟動註解區 然後找到 Link Panes 按鈕 點選它可以將 PBR322 的圖區上的所有標記都去除 成了一個圓圈 還有 序列區 Vector NTI User Manual 9 源資國際生物科技股份有限公司 Copyright 2003 All right reserved 的限制酶切位標記也沒了 要重新顯示則請先點註解區的 Restriction Map 文件夾 然後點按鈕打開文件夾裏面的分支 現在看看 限
15、 制酶切位又重新顯示出來了 啟動圖形區 找到 Standard Arrangement 按鈕了沒 點它 會發現限制酶切位圖譜顯示的方式 和剛才不一樣了 這是標準方式 在註解區中選取 feature map 文件 夾 點打開 可以發現圖形又變了 再依次關掉 feature map 中 的其他文件夾 只留 TCR 此時圖中只有 TCR 一個標記了 若是希 望圖形回到原樣 可以點選鏈條 如下圖 9 列印 pBR322 s 註解 description 圖形 map 和序列 sequence 列印註解 先啟動註解區 就是 active pane 右邊的第一個按鈕 或者直接用滑鼠在註解區點一下 然後按
16、expand branch 按鈕打開註 解區內的所有文件夾 然後點列印 同樣的方式 若要想列印圖 形或序列 先點選其所在的選取區 然後按印表機圖示即可 Vector NTI User Manual 10 源資國際生物科技股份有限公司 Copyright 2003 All right reserved 二 顯示蛋白質序列的方式 1 開啟 41BB HUMAN 點選視窗下面的 Database exploring local vector NTI database 圖示 打開 Explorer 視窗 點選視窗左上角的下拉式功能表 選 Protein Molecules MAIN 資料庫 找到 41BB HUMAN s 並雙擊 打開窗口 如下 視窗顯示結構和 DNA 序列的顯示視窗一致 也包括註解區 圖 形區和序列區三部分 功能表和工具列也基本一樣 在註解區中雙擊 Analysis文件夾 則蛋白自動分析結果以表格的形式在下面顯示出來 下面我們把這兩個表格拷貝到 word 文檔中 先用 shift 滑鼠將兩 個表格選取 然後點工具列中的照相機 camera 在出現的對話方 塊中可以看到序列的
