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1、进化树上的小数的意思：代表核苷酸/氨基酸替代率，如： 0.04 代表每 100 个核苷酸/氨基酸中有 4 个不同。ottolzm (站内联系 TA)首先 你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题 但是它没有任何意义 其次 我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系我再来回答你的问题 进化树下面的比例尺 应该是遗传标度 你建的树的比例尺显示为 0.5 显然是比较大的 一般的都是 0.0 几 另外进化树中的节间数字表示的是步长值 它是用来衡量你的进化树的准确性的 实际意义是 在你所选择初始步长值参数 n(n 一般为 1000)的情况下 设置任意自然数的随机种子值 软件根据你所提
2、供的信息建立了 n 棵树 而节间数就是在这 n 次建树中 有多少次这个分枝内的菌株被分到了一起(有时显示 100 以下数字时 那是百分数 如果是 1000 以下是那就是相应的次数了) 同时 纠正你一下 遗传标度法和步长值法是用来表示两种不同的结果时用的 步长值常用在鉴定菌种的进化树中 而遗传距离法常用在表示不同菌株间进化关系的进化树中 我很少见到 两种被同时应用在同一颗进化树中 另外 MEGA软件提供了更改遗传标度的方法 在你建好树之后 选择 OPTION 按钮里 可以更改显示的最小遗传距离 根据你选的数据 建议改成 0.01 比较好 如果再小 我估计你的进化树的左右的跨度会很大 这样你放在文
3、章里 你不好看了 最后 建议：在建立进化树的时候 不能选择 Unculture 等开头的菌株(人家都无法培养 有可能只是从土壤等混合样品中分离到了 DNA 信息而已 而没有纯培养物 这样的菌你觉得能作为你的标准吗？) 另外 GENEBANK 的序列号 只提供一个即可 而且一般放在菌株的后面惟我独尊 (站内联系 TA)Originally posted by ottolzm at 2011-02-25 2058:首先 你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题 但是它没有任何意义 其次 我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系我再来回答你的问题 进化树下面的比例尺 应该是遗传
4、标度 你建的树的 .谢谢你的回复，我的目的是表示菌株的遗传进化关系，我是做的，其中单纯的数字如，4，等是我割胶测序的结果，uncultured 开头的是在 genbank 中找的最大相似序列。我想我应该选择遗传距离法，回头我改一下遗传标尺，谢谢。你说我这个没有任何意义，我不理解，我设置的 n 值是1000 啊，可为什么会出现这种状况，除了更改标尺和更规范的标识菌名，我应该如何改进才能做出有意义的树图呢？而且，测序得出的是不能培养的也很正常，我该如何改进呢？boouy (站内联系 TA)MEGA5 出来了啊，用最大自然法。秋电工 (站内联系 TA)Originally posted by ottolzm at 2011-02-25 2058:首先 你的这棵进化树从拓扑结构上将没有很大的问题 但是它没有任何意义 其次 我不明确你的目的是想鉴定菌株还是想表示你的菌株的遗传进化关系我再来回答你的问题 进化树下面的比例尺 应该是遗传标度 你建的树的 .lz,在做相似的东西（菌株遗传进化关系），想请问下，什么是遗传距离法？惟我独尊 (站内联系 TA)Originally posted by 秋电工 at 2011-04-15 2111:lz,在做相似的东西（菌株遗传进化关系），想请问下，什么是遗传距离法？不好意思 我也不是很懂，你再查查基本的理论知识吧
