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1、Affymetrix基因芯片产品 Up to 7 000 000 Up to 7 000 000 features chipfeatures chip 5 11 m5 11 m RNA targetRNA target Thousands of copies of a specificThousands of copies of a specific oligonucleotide probe in oligonucleotide probe in each featureeach feature Raw data image with 1 6 9 Raw data image with 1
2、6 9 million differentmillion different complementary probescomplementary probes OligonucleotideOligonucleotide probeprobe 1 28 cm1 28 cm Hybridized probe cellHybridized probe cell 5 5 5 5 芯片产品分类 表达谱芯片 mRNA 3 IVT WT MicroRNA芯片 lncRNA芯片 SNP CNV芯片 甲基化 转录因子芯片 表达谱芯片 3 IVT Human U133 Plus 2 0 Mouse U430 2
3、 0 Rat U230 2 0 PrimeView Almac Xcel WT Human Rat Mouse Gene1 0 ST Human Rat Mouse Exon1 0 ST HTA2 0 表达谱芯片探针设计 Exon 1 0 ST 基因组DNA 初始转录本 RNA 可变剪切转录 本 Gene 1 0 ST 3 端表达谱 表达谱芯片实验 步骤 样本RNA抽提 质检 cDNA合成及片段化 生物素标记 芯片杂交 洗脱 扫描 芯片数据标准化 Gene系列芯片 Transcript coverage of the arrayHuman Gene 1 0 ST ArrayHuman Gene
4、 2 0 ST Array Total RefSeq transcripts covered36 07940 716 NM RefSeq coding transcript well established annotation 32 02030 654 NR RefSeq non coding transcript well established annotation 2 9675 638 XM RefSeq coding transcript provisional annotation 579996 XR RefSeq non coding transcript provisional
5、 annotation 5133 428 lincRNA transcripts46611 086 RefSeq Entrez gene count21 01424 838 EXON系列芯片 Design Statistics Summary Probe Sets1 4 million Exon Clusters 1 million Supported by Putative Full Length mRNA289 961 probe sets Supported by Ensembl Transcripts306 583 probe sets Supported by EST665 175
6、probe sets Supported by Mouse or Rat mRNA220 262 probe sets Supported by Gene Prediction883 105 probe sets Probe Selection RegionAlong the entire length of the transcripts Probes Probe Selection Region4 Background Subtraction StrategyMedian intensity of up to 1 000 background probes with the same GC
7、 content Total Features Per Array 5 500 000 Interrogated StrandSense HTA2 Array contentProtein coding contentNon protein coding content Genes transcript clusters 44 69922 829 Transcripts245 34940 914 Exons560 472109 930 Exon clusters296 05882 444 Splice junctions probe sets 339 1460 表达谱芯片应用 U133 经典
8、相对旧 无价格优势 不做推荐 Gene系列 基本 仅满 足一般表达量检测 需求 Exon系列 全面 精确表达量检测 HTA2 最佳 最全 最精确表达量 EG1 0 最佳 唯一能够获 得转录 本表达量 MicroRNA芯片 MicroRNA 4 0 microRNA Pre microRNA snoRNA scaRNA microRNA芯片实验 步骤 样本RNA抽提 质检 Poly A 加尾 FlashTag Biotin HSR 连接 生物素标记 芯片杂交 洗脱 扫描 芯片数据标准化 microRNA4 0特点 100 覆盖miRBase V20 包括所有数据库记录 的物种 人 2578 小鼠
9、 1908 大鼠 728 重复性 0 95 技术重复 生物重复 lncRNA芯片 Human Mouse Rat Gene2 0 HTA2 0 Human EG1 0 Human Mouse LNCRNA芯片实验 流程 样本RNA抽提 质检 cDNA合成及片段化 生物素标记 芯片杂交 洗脱 扫描 芯片数据标准化 SNP CNV芯片 SNP6 0 CytoScan 750K CytoScan HD OncoScan 订制芯片 Cyto芯片适用样本 细胞 组织 血液 唾液 骨 Cyto HD 纯纯纯纯合合 杂杂杂杂合合 父本父本 母本母本 子代子代 Cyto系列芯片价值 甲基化芯片 Human Promoter1 0 R 研究甲基化意义 Promoter1 0R实验 流程
