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1、1 绪论 1 生物化学研究的对象和内容是什么 解答 生物化学主要研究 1 生物机体的化学组成 生物分子的结构 性质及功能 2 生物分子分解与合成及反应过程中的能量变化 3 生物遗传信息的储存 传递和表达 4 生物体新陈代谢的调节与控制 2 你已经学过的课程中哪些内容与生物化学有关 提示 生物化学是生命科学的基础学科 注意从不同的角度 去理解并运用生物化学的 知识 3 说明生物分子的元素组成和分子组成有哪些相似的规侓 解答 生物大分子在元素组成上有相似的规侓性 碳 氢 氧 氮 磷 硫等6 种是蛋 白质 核酸 糖和脂的主要组成元素 碳原子具有特殊的成键性质 即碳原子最外层的4 个 电子可使碳与自身
2、形成共价单键 共价双键和共价三键 碳还可与氮 氧和氢原子形成共价 键 碳与被键合原子形成4 个共价键的性质 使得碳骨架可形成线性 分支以及环状的多种多 性的化合物 特殊的成键性质适应了生物大分子多样性的需要 氮 氧 硫 磷元素构成了 生物分子碳骨架上的氨基 NH2 羟基 OH 羰基 羧基 COOH 巯基 SH 磷 酸基 PO4 等功能基团 这些功能基团因氮 硫和磷有着可变的氧化数及氮和氧有着较强 的电负性而与生命物质的许多关键作用密切相关 生物大分子在结构上也有着共同的规律性 生物大分子均由相同类型的构件通过一定的 共价键聚合成链状 其主链骨架呈现周期性重复 构成蛋白质的构件是20 种基本氨基
3、酸 氨 基酸之间通过肽键相连 肽链具有方向性 N 端 C 端 蛋白质主链骨架呈 肽单位 重复 核酸的构件是核苷酸 核苷酸通过3 5 磷酸二酯键相连 核酸链也具有方向性 5 3 核酸的主链骨架呈 磷酸 核糖 或脱氧核糖 重复 构成脂质的构件是甘油 脂肪酸 和胆碱 其非极性烃长链也是一种重复结构 构成多糖的构件是单糖 单糖间通过糖苷键相 连 淀粉 纤维素 糖原的糖链骨架均呈葡萄糖基的重复 2 蛋白质化学 1 用于测定蛋白质多肽链N端 C端的常用方法有哪些 基本原理是什么 解答 1 N 末端测定法 常采用 二硝基氟苯法 Edman降解法 丹磺酰氯法 二硝基氟苯 DNFB 或 FDNB 法 多肽或蛋白
4、质的游离末端氨基与 二硝基氟苯 DNFB 反应 Sanger 反应 生成 DNP 多肽或DNP 蛋白质 由于DNFB与氨基形成的键对 酸水解远比肽键稳定 因此 DNP 多肽经酸水解后 只有 N 末端氨基酸为黄色DNP 氨基酸 衍生物 其余的都是游离氨基酸 丹磺酰氯 DNS 法 多肽或蛋白质的游离末端氨基与与丹磺酰氯 DNS Cl 反应生成 DNS 多肽或DNS 蛋白质 由于DNS与氨基形成的键对酸水解远比肽键稳定 因此DNS 多 肽经酸水解后 只有 N 末端氨基酸为强烈的荧光物质DNS 氨基酸 其余的都是游离氨基酸 苯异硫氰酸脂 PITC 或 Edman降解 法 多肽或蛋白质的游离末端氨基与异
5、硫氰酸 苯酯 PITC 反应 Edman反应 生成苯氨基硫甲酰多肽或蛋白质 在酸性有机溶剂中加热 时 N 末端的PTC 氨基酸发生环化 生成苯乙内酰硫脲的衍生物并从肽链上掉下来 除去 N 末端氨基酸后剩下的肽链仍然是完整的 氨肽酶法 氨肽酶是一类肽链外切酶或叫外肽酶 能从多肽链的N端逐个地向里切 根据不同的反应时间测出酶水解释放的氨基酸种类和数量 按反应时间和残基释放量作动力 学曲线 就能知道该蛋白质的N端残基序列 2 C 末端测定法 常采用肼解法 还原法 羧肽酶法 肼解法 蛋白质或多肽与无水肼加热发生肼解 反应中除C端氨基酸以游离形式存 在外 其他氨基酸都转变为相应的氨基酸酰肼化物 还原法
6、肽链C端氨基酸可用硼氢化锂还原成相应的 氨基醇 肽链完全水解后 代表原来C 末端氨基酸的 氨基醇 可用层析法加以鉴别 羧肽酶法 是一类肽链外切酶 专一的从肽链的C 末端开始逐个降解 释放出游离 的氨基酸 被释放的氨基酸数目与种类随反应时间的而变化 根据释放的氨基酸量 摩尔数 与反应时间的关系 便可以知道该肽链的C 末端氨基酸序列 2 测得一种血红蛋白含铁0 426 计算其最低相对分子质量 一种纯酶按质量计算含 亮氨酸 1 65 和异亮氨酸2 48 问其最低相对分子质量是多少 3 指出下面 pH条件下 各蛋白质在电场中向哪个方向移动 即正极 负极 还是保持原点 1 胃蛋白酶 pI 1 0 在 p
7、H 5 0 2 血清清蛋白 pI 4 9 在 pH 6 0 3 脂蛋白 pI 5 8 在 pH 5 0 和 pH 9 0 解答 1 胃蛋白酶pI 1 0 环境 pH 5 0 带负电荷 向正极移动 2 血清清蛋白pI 4 9 环境 pH 6 0 带负电荷 向正极移动 3 脂蛋白 pI 5 8 环境 pH 5 0 带正电荷 向负极移动 脂蛋白 pI 5 8 环境 pH 9 0 带负电荷 向正极移动 4 何谓蛋白质的变性与沉淀 二者在本质上有何区别 解答 蛋白质变性的概念 天然蛋白质受物理或化学因素的影响后 使其失去原有的生 物活性 并伴随着物理化学性质的改变 这种作用称为蛋白质的变性 变性的本质
8、分子中各种次级键断裂 使其空间构象从紧密有序的状态变成松散无序的 状态 一级结构不破坏 蛋白质变性后的表现 生物学活性消失 理化性质改变 溶解度下降 黏度增 加 紫外吸收增加 侧链反应增强 对酶的作用敏感 易被水解 蛋白质由于带有电荷和水膜 因此在水溶液中形成稳定的胶体 如果在蛋白质溶液中加 入适当的试剂 破坏了蛋白质的水膜或中和了蛋白质的电荷 则蛋白质胶体溶液就不稳定而 出现沉淀现象 沉淀机理 破坏蛋白质的水化膜 中和表面的净电荷 蛋白质的沉淀可以分为两类 1 可逆的沉淀 蛋白质的结构未发生显著的变化 除去引起沉淀的因素 蛋白质仍能 溶于原来的溶剂中 并保持天然性质 如盐析或低温下的乙醇 或
9、丙酮 短时间作用蛋白质 2 不可逆沉淀 蛋白质分子内部结构发生重大改变 蛋白质变性而沉淀 不再能溶于 原溶剂 如加热引起蛋白质沉淀 与重金属或某些酸类的反应都属于此类 蛋白质变性后 有时由于维持溶液稳定的条件仍然存在 并不析出 因此变性蛋白质并 不一定都表现为沉淀 而沉淀的蛋白质也未必都已经变性 5 下列试剂和酶常用于蛋白质化学的研究中 CNBr 异硫氰酸苯酯 丹磺酰氯 脲 6mol L HCl 巯基乙醇 水合茚三酮 过甲酸 胰蛋白酶 胰凝乳蛋白酶 其中哪一个最适合完成 以下各项任务 1 测定小肽的氨基酸序列 2 鉴定肽的氨基末端残基 3 不含二硫键的蛋白质的可逆变性 若有二硫键存在时还需加什
10、么试剂 4 在芳香族氨基酸残基羧基侧水解肽键 5 在甲硫氨酸残基羧基侧水解肽键 6 在赖氨酸和精氨酸残基侧水解肽键 解答 1 异硫氰酸苯酯 2 丹黄酰氯 3 脲 巯基乙醇还原二硫键 4 胰凝乳 蛋白酶 5 CNBr 6 胰蛋白酶 6 由下列信息求八肽的序列 1 酸水解得 Ala Arg Leu Met Phe Thr 2Val 2 Sanger 试剂处理得DNP Ala 3 胰蛋白酶处理得Ala Arg Thr 和 Leu Met Phe 2Val 当以 Sanger 试剂处理 时分别得到DNP Ala 和 DNP Val 4 溴化氰处理得 Ala Arg 高丝氨酸内酯 Thr 2Val 和
11、Leu Phe 当用 Sanger 试剂处理时 分别得DNP Ala 和 DNP Leu 解答 由 2 推出 N 末端为 Ala 由 3 推出 Val 位于 N端第四 Arg 为第三 而Thr 为第二 溴化氰裂解 得出 N 端第六位是Met 由于第七位是Leu 所以 Phe 为第八 由 4 第五为 Val 所以八肽为 Ala Thr Arg Val Val Met Leu Phe 7 一个 螺旋片段含有180 个氨基酸残基 该片段中有多少圈螺旋 计算该 螺旋片 段的轴长 解答 180 3 6 50圈 50 0 54 27nm 该片段中含有50 圈螺旋 其轴长为27nm 8 当一种四肽与FDNB
12、反应后 用5 7mol LHCl水解得到DNP Val 及其他 3 种氨基酸 当这四肽用胰蛋白酶水解时发现两种碎片段 其中一片用LiBH4 下标 还原后再进行酸水 解 水解液内有氨基乙醇和一种在浓硫酸条件下能与乙醛酸反应产生紫 红 色产物的氨基 酸 试问这四肽的一级结构是由哪几种氨基酸组成的 解答 1 四肽与FDNB反应后 用5 7mol LHCl水解得到DNP Val 证明 N 端为 Val 2 LiBH4 还原后再水解 水解液中有氨基乙醇 证明肽的C端为 Gly 3 水解液中有在浓H2SO4 条件下能与乙醛酸反应产生紫红色产物的氨基酸 说明此氨 基酸为 Trp 说明 C端为 Gly Trp
13、 4 根据胰蛋白酶的专一性 得知N 端片段为 Val Arg Lys 以 1 2 3 结果可知道四肽的顺序 N Val Arg Lys Trp Gly C 9 概述测定蛋白质一级结构的基本步骤 解答 1 测定蛋白质中氨基酸组成 2 蛋白质的N端和 C 端的测定 3 应用两种或两种以上不同的水解方法将所要测定的蛋白质肽链断裂 各自得到一系 列大小不同的肽段 4 分离提纯所产生的肽 并测定出它们的序列 5 从有重叠结构的各个肽的序列中推断出蛋白质中全部氨基酸排列顺序 如果蛋白质含有一条以上的肽链 则需先拆开成单个肽链再按上述原则确定其一级结构 如是含二硫键的蛋白质 也必须在测定其氨基酸排列顺序前
14、拆开二硫键 使肽链分开 并 确定二硫键的位置 拆开二硫键可用过甲酸氧化 使胱氨酸部分氧化成两个半胱氨磺酸 3 核酸 1 电泳分离四种核苷酸时 通常将缓冲液调到什么pH 此时它们是向哪极移动 移 动的快慢顺序如何 将四种核苷酸吸附于阴离子交换柱上时 应将溶液调到什么pH 如果用逐渐降低pH的洗脱液对阴离子交换树脂上的四种核苷酸进行洗脱分离 其洗脱顺序如 何 为什么 解答 电泳分离4 种核苷酸时应取pH3 5 的缓冲液 在该pH时 这 4 种单核苷酸之 间所带负电荷差异较大 它们都向正极移动 但移动的速度不同 依次为 UMP GMP AMP CMP 应取 pH8 0 这样可使核苷酸带较多负电荷 利
15、于吸附于阴离子交换树脂柱 虽然 pH 11 4 时核苷酸带有更多的负电荷 但pH过高对分离不利 当不考虑树脂的非极性吸附时 根 据核苷酸负电荷的多少来决定洗脱速度 则洗脱顺序为CMP AMP GMP UMP 但实际上核苷 酸和聚苯乙烯阴离子交换树脂之间存在着非极性吸附 嘌呤碱基的非极性吸附是嘧啶碱基的 3 倍 静电吸附与非极性吸附共同作用的结果使洗脱顺序为 CMP AMP UMP GMP 2 为什么DNA不易被碱水解 而RNA容易被碱水解 解答 因为RNA的核糖上有2 OH 基 在碱作用下形成2 3 环磷酸酯 继续水解产生 2 核苷酸和3 核苷酸 DNA的脱氧核糖上无2 OH 基 不能形成碱水
16、解的中间产物 故对 碱有一定抗性 3 一个双螺旋DNA分子中有一条链的成分 A 0 30 G 0 24 请推测这一条 链上的 T 和 C 的情况 互补链的 A G T 和 C 的情况 解答 T C 1 0 30 0 24 0 46 T 0 30 C 0 24 A G 0 46 4 对双链DNA而言 若一条链中 A G T C 0 7 则互补链中和整个DNA分 子中 A G T C 分别等于多少 若一条链中 A T G C 0 7 则互补链中和整个 DNA分子中 A T G C 分别等于多少 解答 设 DNA的两条链分别为 和 则 A T T A G C C G 因为 A G T C T C A G 0 7 所以互补链中 A G T C 1 0 7 1 43 在整个DNA分子中 因为A T G C 所以 A G T C A G T C 1 假设同 1 则 A T T A G C C G 所以 A T G C A T G C 0 7 在 整个 DNA分子中 A T A T G C G C 2 A T 2 G C 0 7 5 T7 噬菌体 DNA 双链 B DNA 的相对分子质量为2 5 1
