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1、第十六章 常规化学软件的应用 1、HyperChem8.0 软件 2、Chemoffice 软件包 HyperChem 简介 HyperChem软件是HyperCube公司开 发的Windows界面程序。是常用的分子设 计和模拟软件。 应用： 1、构建复杂的分子模型 2、综合计算与分析 1. HyperChem软件功能强大，组成模块： (1)构造分子； (2)优化分子结构； (3)研究分子反应； (4)观察轨道和电子图谱； (5)评估化学反应路径； (6)研究分子动力学。 2.建立与显示分子骨架模型： 结构输入和对分子操作。 除了能绘制分子的平面结构，还能够获得 分子的空间构型、键长、键角、扭
2、转角、氢键 等参数。建立起3D或2D分子结构模型。 几何优化 3. 化学计算： 量子化学计算（从头计算，半经验方法，密度 泛函计算）：单点计算、几何优化和过渡态寻 找计算； 分子力学计算； 分子动力学模拟计算（Langevin，Metropolis Monte Carlo模拟）。 4. 可以用来研究的分子特性： 同位素的相对稳定性；生成热；活化能；原 子电荷；HOMO-LUMO能量间隔；电离势； 电子亲和力；偶极矩；电子能级；过渡态结 构和能量；非键相互作用能； 5.模拟分子光谱 分子光谱（振动光谱、电子光谱）是结构 化学中非常重要的内容之一。 研究物质的分子光谱，可以使我们了解分 子中电子的
3、运动，分子中各原子核的相对振动 以及整个分子的转动情况。分子光谱也是现代 研究分子结构和进行定性、定量分析的重要方 法之一。 HyperChem能够对分子进行振动分析，对振 动频率、振动模式、红外吸收强度、电子跃迁 等进行计算， 6. 数据库（Database） 氨基酸、核酸、糖类。 6. 其它模块：晶体构造器；糖类构造器，构 像搜寻，QSAR特性，脚本编辑器。 Chemoffice 世界上应用最广泛的化学办公软件包 Chemoffice 2005 (9.0)版 Chemoffice 2006 (10.0)版 平台：Windows ChemOffice Ultra 2005包含几大软件: u
4、ChemDraw Ultra 9.0：化学结构绘图 u Chem3D Ultra 9.0：分子模型及仿真 u ChemFinder Pro 9.0：化学信息搜寻整合系统 功能介绍： ChemDraw 模块：世界上最受欢迎的化 学结构绘图软件，各论文期刊指定格式。 AutoNom：是Beilsteiny最强的软件，现已内 含在ChemDraw Ultra内，它可自动依照 IUPAC的标准命名化学结构。 ChemNMR：在ChemDraw 内预测13C和1H的 NMR光谱，节省实验的花费。 Name=Struct：输入IUPAC化学名称后就可自 动产生ChemDraw结构。 功能介绍： Chem3
5、D模块：提供3D分子轮廓图及分子轨道 特性分析，并和数种量子化学软件结合在一起 。由于Chem3D提供完整的界面及功能，已成 为分子仿真分析最佳的前端开发环境。 ChemProp：预测BP、MP、临界温度、临界 气压、吉布斯自由能、logP、折射率、热结构 等性质。 Excel Add-on：与微软的Excel完全整合，并 可连结ChemFinder。 量子化学计算软件： Gaussian Client：（需要安装Gaussian 03W） CS GAMESS：（需要另外获得GAMESS） MOPAC Pro：已内含在Chem3D Ultra内，搭 配Chem3D的图形界面。 分子计算的方法有
6、AM1、PM3、MNDO、 MINDO/3和新的MINDO/d。 可以计算瞬时的 几何形状及物理特性等。 功能介绍： ChemFinder模块 ：化学信息搜寻整合系统，可以建立 化学数据库、储存及搜索，或搭配ChemDraw、 Chem3D使用，也可以使用现成的化学数据库。 ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎，所提 供的ChemInfo是目前世界上最丰富的数据库之一，包 含ChemACX、ChemINDEX、ChemRXN、 ChemMSDX，并不断有新的数据库加入。ChemFinder 可以从本机或网上搜寻Word，Excel，Powerpoint， ChemDraw，ISIS格式的分子结构文件。还可以与微软 的Excel结合，可连结的关连式数据库包括Oracle及 Access，输入的格式包括ChemDraw、MDL ISIS SD及 RD文件。 绘制分子的其它软件： ISISDraw ACD ChemSketch ChemWindow
