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1、 1 Linux 操作基础篇 （ 14/10/2016） Biao 目录 一 、 Linux 的文件系统结构 . 2 二 、 Linux 基本操作命令 . 4 （一）文件管理 . 4 （二）文档编辑 . 15 （三）系统程序 . 21 （四）其他 . 24 2 一 、 Linux的文件系统结构 Linux的文件系统和 MS-Windows的文件系统有很大的不同，对于微软视窗系统的文件结构我在这里不再多说，我们主要了结一下 linux的文件系统结构。 linux只有一个文件树，整个文件系统是以一个树根 /为起点的，所有的文件和外部设备都以文件的形式挂结在这个文件树上，包括硬盘、软盘、光驱、调制解
2、调器等。这和以 驱动器盘符为基础的 MS-Windows系统是大不相同的。我们能够接触到的 linux发行版本的根目录大都是以下结构 : /bin /etc /lost+found /sbin /var /boot /root /home /mnt /tmp /dev /lib /proc /usr 现在我将这些目录给大家做一个简要的介绍 : 1. /bin和 /sbin 使用和维护 UNIX和 Linux系统的大部分基本程序都包含在 /bin和 /sbin里，这两个目录的名字之所以都包含 bin，是因为可执行的程序都是二进制文件 (binary files)。 /bin目录通常用来存放用户最
3、常用的基本程序，如 : login pwd /sbin目录通常存放基本的系统和系统维护程序 ， 如 : fdisk mkfs shutdown init 存放在这两个目录中的程序的主要区别是： /sbin中的程序只能由 root(管理员 )来执行。 2. /etc 这个目录一般用来存放程序所需的整个文件系统的配置文件，其中的一些重要文件如下 : 3. /lost+found 这个目录专门是用来放那些在系统非正常关机后重新启动系统时，不知道改往哪里恢复的 “流浪 ”文件。 4. /boot 3 这个目录下面存放着和系统启动有关系的各种文件，包括系统的引导程序和系统核心部分。 5. /root 这
4、是系统管理员（ root）的主目录。 6. /home 系统中所有用户的主目录都存放在 /home中，它包含实际用户的主目录和其他用户的主目录。 7. /mnt 按照约定，像 CD-ROM、软盘、 Zip盘等这样的可移动介质都应该安装在 /mnt目录下，/mnt目录通常包含一些子目录，每个子目录是某种特定设备类型的一个安装点。例如： /cdrom /usb 本 实验室 数据 主要 放在 /mnt/data/里面： 8. /tmp和 /var 这两个目录用来存放临时文件和经常变动的文件。 9. /dev dev是设备 (device)的英文缩写。 /dev这个目录对所有的用户都十分重要。 因为在
5、这个目录中包含了所有 Linux系统中使用的外部设备文件 。 例如 /dev/hda-t： IDE设备 10. /usr 在这个目录下，你可以找到那些不适合放在 /bin或 /etc目录下的额外的软件工具。 /usr目录包含了许多子目录： /usr/bin目录用于存放程序； /usr/share用于存放一些共享的数据，比如音乐文件或者图标等 4 等； /usr/lib目录用于存放那些不能直接运行的，但却是许多程序运行所必需的一些函数库文件。 本实验室软件主要安装在 /usr/local：如下 二 、 Linux 基本操作命令 （一） 文件管理 cd 改变工作目录 这个命令是用来进出 相应 目录
6、的，它的使用方法和在 dos下没什么两样，我补充两点。 首先，和 dos不同的是 Linux的目录对大小写是敏感的，如果大小写没拼对，你的 cd操作报错 。 其次， cd如果直接输入， cd后面不加任何东西，会回到使用者自己的 Home Directory。假设如果是 root，那就是回到 /root 。 这个功能同 cd 是一样的。 实例 ： cd . 返回上一级目录 cd 返回主目录 cd abc 进入 ab目录 chmod 改变文件权限 用法 ： chmod 选项 . 模式 ,模式 . 文件 . 5 或： chmod 选项 . 八进制模式 文件 . 或： chmod 选项 . -refe
7、rence=参考文件 文件 . 作用 ：将每个文件的模式更改为指定值。 参数 ： -c, -changes 类似 -verbose，但只在有更改时才显示结果 -no-preserve-root 不特殊对待根目录 (默认 ) -preserve-root 禁止对根目录进行递归操作 -f, -silent, -quiet 去除大部份的错误信息 -v, -verbose 为处理的所有文件显示诊断信息 -R, -recursive 以递归方式更改所有的文件及子目录 -help 显示此帮助信息并退出 -version 显示版本信息并退出 补充说明： 在 UNIX系统家族里，文件或目录权限的控制分别以读取
8、，写入，执行 3种一般权限来区分，另有 3种特殊权限可供运用，再搭配拥有者与所属群组管理权限范围。您可以使用 chmod指令去变更文件与目录的权限，设置方式采用文字或数字代号皆可。符号连接的权限无法变更，如果您对符号连接修改权限，其改变会作用在被连接的原始文件。权限范围的表示法如下： u： User，即文件或目录的拥有者。 g： Group，即文件或目录的所属群组。 o： Other，除了文件或目录拥有者或所属群组之外，其他用户皆属于这个范围。 a： All，即全部的用户，包含拥有者，所属群组以及其他用户。 有关权限代号的部分，列表于下： r：读取权限，数字代号为 4。 w：写入权限，数字代号
9、为 2。 x：执行或切换权限，数字代号为 1。 -：不具任何权限，数字代号为 0。 6 实例： 源文件如图 可以看到文件： HmmGlocal.java 不可执行。执行下面命令改变权限： chmod 777 HmmGlocal2.java #结果如下所示。 cp 复制文件 用法： cp 选项 . -T 源文件 目标文件 或： cp 选项 . 源文件 . 目录 或： cp 选项 . -t 目录 源文件 . 作用： 将源文件复制至目标文件，或将多个源文件复制至目标目录。 参数： 7 实例： cp *.fasta ./temp # 复制所有 fasta文件到 temp文件夹 cp -r /home/
10、test/ /home/perl/ 拷贝所有文件到 perl目录下 cp -s hsa.fasta hsa2.fasta #创建文件链接而不直接复制文件，可以节约磁盘空间，减少冗余文件。结果如下图 ： ls 列出文件 这个命令就相当于 dos下的 dir命令一样，肯定是我第一个就要介绍的，这也是 Linux控制台命令中最为重要几个命令之一。 ls最常用的参数有三个： -a -l -F。 ls -a 8 Linux上的文件以 “.”开头的文件被系统视为隐藏文件，仅用 ls命令是看不到他们的，而用 ls -a除了显示 一般文件名外，连隐藏文件也会显示出来。 ls -l（这个参数是字母 L的小写，不
11、是数字 1） 这个命令可以使用长格式显示文件内容，如果需要查看更详细的文件资料，就要用到ls -l这个指令。例如我在某个目录下键入 ls -l可能会显示如下图信息： 1-7列分别为：文件属性 文件数 拥有者 所属的 group 文件大小 建档日期 文件名 ln 连接文件 用法： ln -bdfinsv 源文件或目录 . 目的目录 作用： ln指令用在连接文件或目录 参数：实例： 9 ln -s /mnt/data/lgb/zls/Homo_sapiens/ SRR306848.fastq ./rnaseq/ #在 rnaseq文件里创建SRR306848.fastq文件 的链接。 补充说明： 这是 linux中又一个非常重要的命令，它的功能是为某一个文件在另外一个位置的使用建立一个链接。如果你要把几 G的数据考到你的当前目录下分析，一来需要时间，二来重复占用磁盘空间，很不 wise。所以借助这个命令，就会事半功倍。 在我们的服务器上有个专门存放大数据的文件夹 /mnt/data，而我们分析数据时候往往不在这个目录里操作，这就涉及到一个数据文件调用的问题。 即当我们需要在不同的目录，用到相同的文件时，不需要在每一个需要的目录下都放一个相同的 数据 文件，我们只要在某个固定的目录，放上该文件，然后在其它的目录下用 ln命令链接（ link）它就可以 ，这样既可以节省时
