嗜热和常温蛋白模式识别的研究

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1、!“ 卷 # 期 !$% 年 “ 月 生物工程学报 !“#$%2 =?: B %E5D: F !G45 %15=: - %B5: B H5I: 0 %JDI: B HGCK %GEG %3B5: 0 %461 %-00 %.E %1=C: 3 %B.: 0 % % % % % % % % % % % % % % % % % % % % =! L#“H %#L L#“ R L#L%!( P =DFG R L#L!A9 P L#LMM8 P =E=) R L#LMHY P L#L%!Z R =DFH (9 Q L#AM)() 通过分析训练集拟合结果, 可定义: 当 “ L#A 时, 该蛋白可被认为

2、是嗜热蛋白, 而当 “ L#A 时, 该蛋白为常温蛋白。从上述方程可知, 对 “ 值影响 最大的是 :?I 的含量 (与 “ 值呈负相关) , 说明 :?I 含量越高, “ 值越小, 是常温蛋白的可能性越大。 :?I 被认为是热稳定性氨基酸, 由于它在高温下会 发生氧化, 研究者 %!发现它在嗜热蛋白中含量低于 常温蛋白, 上述方程恰好解释了这一现象。另外, U1= 和 E4 也和 “ 值呈负相关, 也意味着在嗜热蛋白 中这两种氨基酸的含量也较低。E4 能通过氢键与 蛋白分子表面的水分子相互作用, 但在高温下氢键 容易断裂, 这会导致蛋白在高温下不稳定, 因此, 嗜 热蛋白中 E4 的含量较低

3、 %H。这也从上述方程中得 到了反映。而和 “ 值呈正相关且相关系数相对较 大的氨基酸是 ?4, 这也与 W/04 %!等的研究结果相 吻合, 他们认为 ?4 在嗜热蛋白中的含量更高。 图 ! (789 主成分映照图 T6D# !E3 .F 563=I6F=01 0G FC !%0=5 !FC (789 为了验证模型的正确性, 利用上述方程对测试 集的 L 组数据进行了计算, 结果见表 !, 表中加粗 部分为预测错误的结果。可知该模型对嗜热蛋白预 测的正确率为 NM$, 对常温蛋白预测的正确率为 AL$, 预测的平均正确率为 “!#M$。 !?基于 “;) 三种方法对 训练集拟合的效果以及对测试集预测的效果如表 “ 所示。三种方法拟合的效果均优于预测的, 而尤以 )78; 拟合的效果最佳。三种方法对预测的效果 则存在一定的差异, 如对嗜热蛋白 )78 预测的效果 最好, 正确率达 6; 预测的 效果最好, 正确率达 #$)5$ /2C 1=K?BC/D1 M2A =C?BCK/C0 EA2=/C ?=A12DBT/F/NJ 4 */ 0)*/,!*,=:SDD/C2H :JBK2AD =C?BCK/C0 EA2=/C ?=A12DBF/F/NJ :#*2,-

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