《杂色鲍微卫星dna标记筛选及广东沿海养殖群体遗传多样性分析》由会员分享，可在线阅读，更多相关《杂色鲍微卫星dna标记筛选及广东沿海养殖群体遗传多样性分析（92页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、全日制农学硕士学位论文 杂色鲍微卫星D N A 标记筛选和广东沿海养殖 群体遗传多样性分析 硕士研究生： 指导教师： 学位类 别： 学科： 研究方向： 培养单位： 授予学位单位： 论文提交日期： 许新 区又君研究员陈刚教授 农学 水产养殖学 水产经济动物种苗工程与繁殖生物学 水产学院学院 广东海洋大学 2 0 10 年4 月2 0 日 lIIlllqllI lll l l llll l lll lI Y 18 0 610 1 C I a s s i f i e dI n d e x ： 嘲歹S e c u r i t yC l a s s i f i c a t i o n ： u D C ：
2、 l 、 S e c u r i t yP e r i o d ： D i s s e r t a t i o nf o rt h eM a s t e r SD e g r e e M i c r o s a t e l l i t eD N A S c r e e n i n ga n dG e n e t i c D i v e r s i t yA n a l y s i so fC u l t u r e dP o p u l a t i o n so f T r o p i c a lA b a l o n e ( H a l i o t i sd i v e r s i c o
3、l o r ) i n C o a s t a lW a t e r so fG u a n g d o n gP r o v i n c e C a n d i d a t e ： S up e r v i s o r ： S p e c i a l i t y ： R e s e ar c hf i e l d ： U n i v e r s i t y ： S ub mi s s i o nd a t e ： X UX I n P r o f Y o u j u nO u ，P r o f C h e nG a n g ， A g r i c u l t u r e B i o l o
4、g ya n dB r e e d i n gE n g i n e e r i n go fF i s h e r t y E c o n o m i cA m i m a l s G u a n g d o n gO c e a nU n i v e r s i t y A p r i l2 0 1 0 广东海洋大学 学位论文原创性声明 本人郑重声明：所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取 得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何其 他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡献的个 人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完伞意识到本声明
5、的法律后果 由本人承担。 作者签名： 本学位论文作者完全了解学校有荚保留、使用学位论文的规定，同意学 校保留并向国家有关部门或机构送交论义的复印件和电子版，允许论文被查 阅和借阅。本人授权广东海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入 有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本 学位论文。 本学位论文属于l 、保密口，在年解密后适用本授权书。 2 、不保密团。 ( 请在以上相应方框内打“) 作者签名： 导师签名： 2 0 , , 年6 月7 E l 2 0 f D 年6 月f7 日 确 墙 摘要 2 0 世纪8 0 年代术杂色鲍因其生长较快而成为我国南方最主要的养殖鲍
6、。在鲍 养殖业迅速发展的同时，由于海洋环境污染，养殖群体遗传结构单一、近交机率增 加，同时，海域养殖过度、养殖污染，赤潮频发等外在因素更是严重的制约了鲍养 殖业可持续发展。如何增强鲍的抗逆能力，提高其品质和质量，改良种质资源状况 已经成为当前我国重要的研究课题。随着分子生物学技术的不断发展完善，分子标 记技术不仅用于遗传多样性调查和种群遗传结构分析，也为幂l ，质评价、鉴别、溯源 提供了条件，同时，也为分子标记辅助育种技术体系的建立奠定了基础。 本论文以中国重要海洋经济贝类杂色鲍( H a l i o t 括d i v e r s i c o l o rR e e v e ) 为对象， 研究了
7、杂色鲍微卫星标记的分离，分析了杂色鲍养殖群体的遗传多样性与遗传分 化，主要研究结果如下： ( 1 )由于有关杂色鲍在公共数据库中的基因序列信息比较少，特别是E S T 序列， 且有关杂色鲍的微卫星标记研究方面几乎是空白。故本实验室构建了杂色鲍的肌肉 组织和内脏组织的c D N A 文库，构建了一个高质量的c D N A 文库。共测序获得了 8 0 1 6 个表达序列标签( E x p r e s s e dS e q u e n c eT a g ，E S T ) ，经聚类分析共得到1 0 8 7 个 c o n t i g s 和3 6 9 4 个s i n g l e t o n s 序列
8、，既4 7 8 1 个u n i g e n e 序列。比对分析显示l8 8 2 个 E S T 序列在G e n B a n k 数据库中没有同源性，占E S T 总数的2 3 5 ；2 8 9 9 个E S T 序 列在数据库中有同源序列，占E S T 总数的3 6 2 。 ( 2 ) 从4 7 8 1 个u n i g e n e 序列中，经过软件筛选发现1 6 1 个E S T s 序列共含有1 7 3 个微卫星，占整个E S T 序列的3 7 2 。双碱基重复序列l l O 个，占6 3 6 ；i 碱基 类型的4 7 个，占约2 7 2 从1 6 1 个含有微卫星的E S T 序列中
9、初步选取1 4 1 条序列 用引物设计软件p r i m ep r i m e5 进行微卫星引物设计。其中5 1 对序列由于没有足够 的侧翼序列不能用来设计引物，共设计9 3 对引物由上海生工合成。在9 3 对引物中， 7 8 对引物扩增出微卫星条带，其他1 5 对引物在不同的温度和M 9 2 + 浓度下不能得到 扩增产物( 无扩增产物、杂带过多或只能在部分个体中出现扩增产物) 。在这7 8 对可扩增的引物中，有5 3 对的扩增产物是预期片段，2 5 对引物的产物远超过预期 片段可能是错配的缘故。我们用这5 3 对引物通过上述选取的8 个个体用聚丙烯酰 胺凝胶电泳来检测多念性。通过检测，1 9
10、 对引物具有多念性。用4 0 个采集样品检 测的结果显示每个位点的等位基因数从2 个到1 6 个不等，平均为7 8 4 个；观测杂 合度介于0 4 1 2 0 7 4 8 之I 日J ，期望杂合度的变化范围为O 6 5 3 0 8 4 6 。 ( 3 ) 以7 个养殖群体分别来自广东汕头( S T ，3 6 个体) ，汕尾( s w ，3 6 个体) ，惠东 ( H D ，3 6 个体) ，湛江( z J ，3 6 个) 和徐闻( X W ，3 6 个体，深圳野尘驯养( S Y ，3 6 个体) f u 同本( R B ，3 6 个体。实验所采取汕头，汕尾和惠东养殖群体为汕头与同本 千叶杂交一
11、代群体的杂交群体。利用7 个微卫星位点Z S B 2 ， Z S B 4 ，Z S B 6 ，Z S B 8 ，Z S B l 0 ，Z S B l 3 和Z S B l 7 的引物进行了遗传多样性和种群遗传结构 分析，统计分析了等位基因数、基因频率、杂合度、平均多态信息含量等遗传参数， 并检测了群体是否符合H a r d y W e i n b e r g 平衡的状况。结果显示：7 个位点产生的等 位基因数从8 1 6 个不等，共检测到7 6 个等位基因，平均每个位点l O 8 7 个。有效 等位基因数目范围为3 8 1 0 8 ，平均观察杂合度范围0 4 7 2 0 9 1 4 ，平均期待
12、杂合度 范围为：O 7 4 8 。0 9 2 0 。7 个群体的每个位点多态信息含量变化范围为0 6 4 5 0 8 8 9 ， P I C 值均在0 5 0 0 以上，表现为高多态。相比两个野乍驯养的养殖群群体而言，其 他5 个养殖群体整体存在不同程度的遗传多样性的降低。本研究中F s t 值的范围为 0 0 1 3 0 1 6 7 。两个野生驯养的养殖群体之间以及与养飧群体之I 、日JF s t 值都大于O 0 8 ， 表明两野生驯养的养殖群体与养殖群体之I 日J 都存在明显的遗传分化。养殖群体遗传 距离与地理距离不相关，可能是杂色鲍人工养贿过程中各育苗厂之间亲鲍和苗种频 繁交流交换所造成
13、的结果从总体上说，杂色鲍养殖群体目I 订仍具有较高的遗传多 样性，遗传信息丰富，遗传变异大，可以作为良好的育种材料 天键词：杂色鲍，微卫星标记，遗传多样性，养殖群体 A B S T R A C T I nt h el a t e2 0 t h ，H a l i o t i sd i v e r s i c o l o rb e c o m et h em o s ti m p o r t a n tf a r m i n ga b a l o n e i n s o u t h e mC h i n ab e c a u s eo fi t sr a p i dg r o w t h A st
14、 h em a r i n ee n v i r o n m e n t ，as i n g l eb r e e d i n g p o p u l a t i o ng e n e t i cs t r u c t u r e ，i n c r e a s et h ep r o b a b i l i t yo fi n b r e e d i n g ，l a c ko f f a s tg r o w t h ， g o o dq u a l i t y a n ds t r o n gr e s i s t a n c en e wa b a l o n eb r e e d i
15、n g M e a n w h i l e ，o v e r - f a r m e d ， f a r m i n gp o l l u t i o n ，f r e q u e n t r e dt i d e se x t e r n a lf a c t o r si sas e r i o u sc o n s t r a i n ta b a l o n e a q u a c u l t u r es u s t a i n a b l ed e v e l o p m e n t H o w t O i m p r o v ei t sq u a l i t ya n dq u
16、 a l i t yi m p r o v e m e n t e n h a n c et h er e s i l i e n c eo fa b a l o n ea n d o fg e r m p l a s mr e s o u r c e ss i t u a t i o nh a s b e c o m ea ni m p o r t a n tr e s e a r c ht o p i c i nC h i n a W i t hm o l e c u l a rb i o l o g yt e c h n i q u e s d e v e l o p e dm o l e e u l a rm a r k e r sn o to n l y f o rt h ei n v e s t i g a t i o no fg e n e t i cd i v e r s i t ya n d p o p u l a t i o ng e n e
