MS问题集锦

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1、 Materials-Studio 论坛问答全集（精选众多论坛讨论贴）转载其它论坛的贴子，希望对于新手有所帮助！不会找我要版权吧，怕怕！字体: 小 中 大 | 打印 发表于: 2008-1-05 15:03 作者: matsim 来源: 材料计算模拟社区 1、问：用 MS 构造晶体时要先确立空间群,可是那些空间群的代码是啥意思啊,看不懂,我想做的是聚乙烯醇的晶体,嘿嘿,也不知道去哪 可以查到它的空间群 答：A、要做晶体，首先要查询晶体数据，然后利用晶体数据再建立模型。晶体数据来源主要是文献，或者一些数据库，比如 CCDC。 你都不知道这个晶体是怎么样的，怎么指定空间群呢？要反过来做事情哦：）

2、B、我不知道你指示的代码是数字代码还是字母代码,数字代码它对应了字母的代码，而字母的代码它含盖了一些群论的知识(晶系,对 称操作等),如果要具体了解你的物质或者材料属于那一个群，你可以查阅一下相关的手册,当然你要了解一些基本的群论知识.MS 自带 了一些材料的晶体结构,你可以查询一下. 2、问：各位高手，我用 ms 中的 castep 进行运算。无论 cpu 是几个核心，它只有一个核心在工作。这个怎么解决呢？ 答：请先确认以下几个问题： 1，在什么系统下装，是否装了并行版本。 2，计算时设置参数的地方是否选择了并行。 3，程序运算时，并不是时时刻刻都要用到多个 CPU 3、问：我已经成功地安装

3、了 MS3.1 的 Linux 版本， 串行的 DMol3 可以成功运行。 但是运行并行的时候出错。 机器是双 Xeon5320(四核)服务器，rsh 和 rlogin 均开启，RHEL4.6 系统。 其中 hosts.equiv 的内容如下： localhost ibm-console machines.LINUX 的内容如下： localhost:8 现在运行 RunDMol3.sh 时，脚本停在 $MS_INSTALL_ROOT/MPICH/bin/mpirun $nolocal -np $nproc $MS_INSTALL_ROOT/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe $r

4、ootname $DMOL3_DATA 这一处，没法执行这一命令 并行运算时，出现以下 PIxxxx(x 为数字)输出 ibm-console 0 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe localhost 3 /home/www/MSI/MS3.1/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe 请问这是什么原因？谢谢！ 答：主要是 rsh 中到 ibm-console 的没有设置 把/etc/hosts 改为 127.0.0.1 localhost.localdomain localhost ibm-console 在后面加个 ibm-con

5、sole 也希望对大家有帮助! 4、问：在最后结果的 dos 图中,会显示不同电子 spd 的贡献,我想问的是, 假设 MS 考虑的原子 Mg 的电子组态为 2p6 3s2,那么最后的 dos 结果中的 s,p 是不是就是 2p,跟 3s 的贡献.比如更高能量的 3p 是否可能出现在 dos 中? 如果可能的话，在这种情况下,如何区分 2p 和 3p 的贡献,谢谢. 答：A、取决于你的餍势 势里面没有 3p 电子，DOS 怎么会有呢？ 自然，你的 1p1s 也不会出现在你的 DOS 中。 B、我觉得原子没有 d 轨道但是计算出来的 DOS 图上有 d 轨道的贡献，这可能是电子跃迁所引起的，虽然

6、按照教科书上的 d 轨道上没有电 子，但是不排除有电子跃迁过去，但及时跃迁也应该只是很少的而且一般也都是这样。 C、我考虑的是 dos 并非指电子出现的几率,而是能级的密度.3p 构成导带能级不可能吗? 没有 d 电子出现 d 的贡献可以理解是跃迁过去,那是不是也不否认 3p 的可能? 既然不可能有 3p,怎么会有 1s1p?毕竟一开始计算中已经做了近似? D、第一性原理计算高于费米面的能带本来就不怎么可靠的。 现在，计算的带隙小于实验值，很大的原因就来源于价带计算不准。 p 能量高于 s 不太好理解 这里有成键反键的因素 p 的反键是有可能小于 s 的成键的 另外有时候原子电子组态没有 d

7、电子的时候计算结果也出现了 d 轨道 估计是做轨道投影的问题。vasp 就有这个问题，但是可以消除这个错误的。 5、问：那位高手能够介绍一下 MS 中 CASTEP 的势能模型的适用范围？ 比如说 LDA 的（PWC,VWN），GGA 的（PW91,BP,PBE,BLYP,BOP,VWN-BP,PRBE,HCTH），能够简述一下其大致差别更好 答：LDA 局域密度近似（LDA）：局域密度近似（LDA）是第一阶梯。它仅仅采用空间点 r 处的电子密度 n（r）来决定那点交换-相关能 密度的形式。交换-相关能密度由密度相同的均匀电子气完全确定。泛函的交换部分就准确的用均匀电子气的微分表达。各种不同的

8、 局域密度近似（LDA）仅仅是相关部分表示方法不同，所有现代应用的局域密度泛函都基于 Ceperly 和 Alders 在年代对均匀电子 气总能量的 Monte Carlo 模拟。 广义梯度近似（）：是 Jacob 阶梯的第二个台阶，将电子密度的梯度也作为一个独立的变量（|n(r)|），在描述交换 相关能方面，梯度引入了非定域性。泛函包含了两个主要的方向：一个称为“无参数”，泛函中新的参数通过已知形式中参数 或在其它准确理论帮助下得到。另外一个就是经验方法，未知参数来自于对实验数据的拟和或通过对原子和分子性质准确的计算。 Perdew,Burke and Emzerhof(PBE)以及 Per

9、dew-Wang from 1991(PW91)是无参数的，在量子化学中广泛采用的 GGA，比如 Becke,Lee,Parr and Yang(BLYP)是经验性。LYP 校正采用了密度的二阶Laplace 算符，因此严格上讲属于 Jacob 阶梯的第三阶，但通常 仍然归类为 GGA. 6、Linux 上 MS 的安装问题 我在 RHES4.6 上安装 MS3.0 但是在 castep 和 dmol 下的 RunDMol3.sh 大小为零，没有东西， 同时在 share 下也没有 bin 目录，也找不到 ms_setuo.sh 脚本 请问是什么原因？ 相应的出现这样的错误信息： /home/

10、sript/MSI/3.0/3rdParty/regxpcom: error while loading shared libraries: libcxa.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory 答：假如你有 Materials Studio 3.1 的 ISO 版本以及 licene.dat。在 linux机器上的用户名为 firefox。下面是安装 Materials Studio3.1 linux 版本的步骤 1、假定把 Materials Studio3.1 的 iso 文件 mount 到/hom

11、e/firefox/ms 目录，切换到 root 帐号下，然后用下面的命令如下： mount -o loop /home/firefox/MS_MODELING.iso /home/firefox/ms 2、文件 mount 上去后，退出 root 帐号，回到 firefox 帐号。然后到/home/firefox/ms/UNIX 目录，运行下面的： ./Install 3、开始按提示安装了 1）、指定你要 Materials Studio 安装到的目录，比如/home/firefox/MaterialsStudio 2）、下面就是指定你所需要安装的模块了，根据自己的需要选择，当然也可以全部选

12、上 3）、然后指定你 License_Pack 所在的目录，我们假定也是放到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack 目录中，那么先建 立这样的目录：mkdir /home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack 接着按提示 Enter。开始安装 Licens_Pack 了。 4）、下面把你所得到的 licene 文件 msilic.lic 拷贝到/home/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses 目录中，并改名为 msilicense.dat。 5)、把/home

13、/firefox/MaterialsStudio/License_Pack/licenses/msilicense.dat 完整的文件名按提示输入。这些完成后。就基本 安装好了。下面就是把 gateway 运行起来。 4、到/home/firefox/MaterialsStudio/Gateway 目录，运行下面的命令： ./msgateway_control_18888 start 提示说 Gateway start succeeded - running as process xxxx。后，就启动成功了。 5、在 ie 的地址栏输入，http:/127.0.0.1:18888/ ; 则页面

14、会显示该机器上已经安装好的计算模块 基本就安装成功了。(注意之处：不要用 root 安装它)。 7、问：我想对 NaYF4 的电子云分布进行模拟计算,请各位高手指点怎么计算? 如果有 NaYF4 的结构的话,请分享一下. 答：如果是晶体的话，可以找相关的文献看晶格常数和原子坐标，自己构建模型后计算 如果没有文献，可以上无机晶体结构数据库 ICSD 查询，如果查到，直接导出来 就可以用 ms 算了 电子云分布算一下电子密度就可以了 可以用 dmol 和 castep 如果要某个轨道的电子云，dmol 算 homolumo 上下若干个轨道 castep 算能带 最后那 visulizer 看电子云

15、密度图就 ok 了 8、问：各位高手请教一下用 demolJ 计算分子轨道怎么看 HUMO,LUMO 图，其中的黄色蓝色代表什么啊，谢谢了 答：dmol 计算的时候选择 properties 里面的 orbitals 把 homo 和 lumo 选上 然后计算，算完以后打开 analysis 对话框 选择 orbitals，就看到你算的 homo 和 lumo 了，然后 import 就在模型中可以看见 homo 和 lumo 了 9、求助有 MS 并行计算经验的朋友解答一下 我虽然在 LINUX CLUSTER 并行成功了，但是并行的时候 CPU 计算利用率很不均衡也不稳定 有时候 100%

16、有时候 0% 而且计算到一定程度的时候会变换运行程序在 LINUX 中的进程名 换了一次之后 CPU 使用就开始出现不均衡的情况，有一个 CPU 90%+，别的都是2-5%的样子进程处与 sleeping 状态只有那一个 CPU 在 RUN 另外说一下我每个节点的硬件配置相同，用的是 CASTEP 模块，K 点数是 CPU 数的整数倍，但是算能带的时候不知道如何调节 K 点数目， 不均衡不知道是不是算能带的时候导致 K 点在每个 CPU 上分布不均造成的 还想问一下 我各个节点都是同一个交换机下的机器，NFS 的效率如何评估 答：A、你应该看看内存的使用率,一般如果内存不足,会造成你说的现象 B、所有节点空闲内存都在 50%以上啊，发现只有一个节点的 CPU 占用的厉害 别的不超过 10% C、你选用的几个 cpu 进行计算,如果是一个,那就是你发生的问题原因,如果不是一个,而是选择几个 cpu 进行计算,那么应该是节点之间 的通讯问题了,这需要进行机群的的调节了 10、问：CASTEP 能算 pdos 的自旋情况