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1、UNIPROT蛋白数据库概论 徐昊 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 nUniProt数据库简介 nUniProt数据查询 n查询结果下载 n蛋白序列提交 n相关工具使用 n注意事项 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt数据库简介 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt数据库的特点 n高质量 n更新速度快 n与其他数据库联系密切 n使用快捷方便 n分析工具齐全 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt数据库网站地图 PDF 文件使用 “p
2、dfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt数据库结构层次 UniRef UniParc UniProt UniParc -5,233,066 UniProt - 1,896,046 UniRef90 - 1,481,115 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt 可信度标签 可信度标签主要有三种： ncurator 人工验证的数据 nimport 从其他数据源引用过来的数据 nprogram 通过程序添加或者产生信息的 数据 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt Text Search nTe
3、xt Search是UniPort中最基础，也是使 用最多的查询方法 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt Text Search PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt显示格式 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt显示格式 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt显示格式 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt显示格式 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建
4、 UniProt显示格式 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt显示格式 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 Text Search 中的逻辑操作 n在Text Search中，无法进行一些特别详细的过 滤筛选或者组合操作，但是可以进行一些简单 的 逻 辑 操 作 ， 比 如“ &”(and) 或 者 “|”(or) ，比如我们查询 “CD4 & aids”可以查 到 4388 个条目，查询 “CD4 | aids”,可以查 到64587 entries.在查询的时候，单词之间用 空格隔开的作用和“&”是一样的，例如查询时
5、 输入“CD4 aids human”和输入“CD4 & aids & human”的效果是一样的。 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt Power Search PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt Power Search PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt查询结果组合 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt查询结果组合 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt查询结果组合
6、PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt查询结果组合 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 根据列表寻找数据 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt查询结果下载 n用户在进行完查询后，可以根据自己的 需要选择条目下载到本地，以方便进一 步的使用和分析 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt查询结果下载 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt查询结果下载 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“
7、 试用版本创建 UniProt查询结果下载 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 提交蛋白数据 nUniProt为用户提供了一个用来提交蛋白 数据的工具SPIN。这个网页工具使用非 常方便，它通过友好的用户界面一步一 步引导用户顺利完成整个提交过程。 http:/www.ebi.ac.uk/swissprot/Submis sions/spin/index.jsp PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 提交蛋白数据 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 提交蛋白数据 PDF 文件使用 “pdfFactory P
8、ro“ 试用版本创建 提交蛋白数据 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 提交蛋白数据 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 提交蛋白数据 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 提交蛋白数据 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 提交蛋白数据 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 提交蛋白数据 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt相关网上工具列表相关网上工具列表 nBLAST：最为常见的同源比对工具 http:/
9、www.ebi.ac.uk/blast/index.html PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 BLAST：最为常见的同源比对工具 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 BLAST：最为常见的同源比对工具 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt相关网上工具列表相关网上工具列表 niProClass 该工具是PIR提供的，它是对 已有的36,000 PIR 超家族, 145,300 家族, 7860 功能域, 1300 motifs, 280 修正位点 的数据库做BLAST同源比对，主要用来 对
10、序列进行分类。 http:/pir.georgetown.edu/iproclass/ind ex.shtml PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt相关网上工具列表相关网上工具列表 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt相关网上工具列表相关网上工具列表 nInterProScan： InterPro是个合作的方案， 目的是基于大多数普通的数据库之上，对蛋白 质家簇，区域、功能位点的进行独特的、无冗 余的描述。InterPro库结合了PROSITE、 PRINTS、Pfam、ProDom、SMART和 TIGR
11、FAMs这些数据库以及一些预置的数据库。 是一个用XML格式的、分布式的并且可以在 InterPro协会版权允范围下自由使用的。主页 地址是：http:/www.ebi.ac.uk/InterProScan。 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 InterPro相关数据库和算法 nPfam 收集了大量的多序列比对和Hmm，覆盖了几乎所有蛋白结 构域 nPROSITE 关于蛋白质家族和结构域的数据库 nProDom 根据PSI-BLAST程序来查找同源蛋白结构域的数据库 nSMART 用于发现和注释可移动蛋白多肽中得结构域 nPRINTS 蛋白质指纹图谱数据库 nG
12、ene3D 通过HMMs预测蛋白结构，是CATH结构数据库得补充 nTIGRFAMs 基于序列鉴定相关蛋白功能的工具 nPANTHER 根据家族功能的特异性区分蛋白家族和亚家族 nSUPERFAMILY 超家族和已知结构蛋白数据库 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt相关网上工具列表相关网上工具列表 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt相关网上工具列表相关网上工具列表 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt相关网上工具列表相关网上工具列表 nClustalW：多序列
13、联配工具 http:/www.ebi.ac.uk/clustalw/index.html PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 UniProt相关网上工具列表相关网上工具列表 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 DbClustal nDbClustal是EBI提供的一个针对蛋白数据 库进行蛋白序列多重比对的程序。它的 匹配算法基于ClustalW的全局匹配算法， 同时改进了一对序列锚点对齐的本地匹 配算法。也就是它结合了全局匹配和本 地匹配的优点，它能够对差异性较大的 序列进行准确的全局比对。 PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 DbClustal PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 DbClustal PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 DbClustal PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建 Thanks PDF 文件使用 “pdfFactory Pro“ 试用版本创建
