二、 真核基因的启动子 启动子是一段特定的直接与RNA聚合酶及其转录因子相结合、决定基因转录起始与否的DNA序列不同的启动子对RNA聚合酶的亲和力不同，所结合的反式作用因子（trans-acting factors）也不同，因此，基因转录活性也很不相同Ⅰ.典型的原核启动子有四大要素 转录起始位点，-10区，-35区和-10区与-35区之间的间隔 原核基因转录起始位点通常是嘌呤，其序列为CAT（A为起始位点）10区是一个6碱基保守序列（常以-10为中心）T80A95t45A60A50T96，有助于DNA的解链35区是另一个6碱基保守序列（常以-35为中心）T82T84G78A65C54a45研究表明，当-10区和-35区中心位置相距16-18bp时，该启动子的功能较强；相距较近或较远时，起始转录的功能都相应减弱 Ⅱ.真核基因启动子 真核生物有3类RNA聚合酶，负责转录3类不同的启动子 由RNA聚合酶I负责转录的rRNA基因，启动子（I类）比较单一，由转录起始位点附近的两部分序列构成第一部分是核心启动子（core promoter），由-45—+20位核苷酸组成，单独存在时就足以起始转录。
另一部分由-170—-107位序列组成，称为上游调控元件，能有效地增强转录效率 由RNA聚合酶Ⅲ负责转录的是5SrRNA、tRNA和某些核内小分子RNA（snRNA），其启动子（Ⅲ类）组成较复杂，又可被分为三个亚类两类5S rRNA和tRNA基因的启动子是内部启动子（internal promoter），位于转录起始位点的下游，都由两部分组成第三类启动子由三个部分组成，位于转录起始位点上游 由RNA聚合酶II负责转录的II类基因包括所有蛋白质编码基因和部分snRNA基因，后者的启动子结构与III类基因启动子中的第三种类型相似，编码蛋白质的II类基因启动子在结构上有共同的保守序列转录起始位点没有广泛的序列同源性，但第一个碱基为腺嘌呤，而两侧是嘧啶碱基这个区域被称为起始子（initiator， Inr），序列可表示为Py2CAPy5Inr元件位于-3—+5仅由Inr元件组成的启动子是具有可被RNA聚合酶II识别的最简单启动子形式 多数II类启动子有一个被称为TATA盒的共有序列，通常处于-30区，相对于转录起始位点的位置比较固定TATA盒存在于所有真核生物中，TATA盒是一个保守的七碱基对，其序列为： 也有一些II类启动子不含有TATA盒，这样的启动子称为无TATA盒启动子。