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1、PCR扩增产物的电泳分析 凝胶电泳分琼脂糖电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳两种。 一、琼脂糖凝胶电泳琼脂糖凝胶电泳是一种非常简便、快速、最常用的分离纯化和鉴定核酸的方法。琼脂糖是从海藻中提取的一种线状高聚物。根据琼脂糖的溶解温度，把琼脂糖分为一般琼脂糖和低熔点琼脂糖。低熔点琼脂糖熔点为6265，溶解后在 37下维持液体状态约数小时，主要用于DNA片段的回收，质粒与外源性DNA的快速连接等。1、凝胶浓度凝胶浓度的选择依DNA分子的大小而定。 琼脂糖凝胶的浓度与DNA分离范围琼脂糖浓度(%)线型DNA分子的分离范围(Kb)0.35600.61200.70.8100.90.571.20.961.50.231
2、2.00.122、电泳缓冲液核酸电泳缓冲液有三种，即Tris-硼酸(TBE)、Tris-乙酸(TAE)和Tris-磷酸(TPE)。TBE 与TPE缓冲容量高，DNA分离效果好，但TPE在DNA片段回收时含磷酸盐浓度高，容易使DNA沉淀。TAE缓冲容量低，但价格较便宜，因而推荐选用TBE.缓冲液中的EDTA可螯合 二价阳离子，从而抑制DNA酶的活性，防止PCR扩增产物降解。10XTBE缓冲液的配制：Tris硷，108克 EDTA，9.3克 硼酸，55克 H2O至，1000ul (其PH应为8.08.2) 临用时用水稀至0.5XTBE(20倍稀释。 3、核酸电泳的指示剂与染色剂1）指示剂：核酸电泳
3、常用的指示剂有溴酚兰和二甲苯青及银染色。溴酚兰在碱性液体中呈紫兰色，在0.6%、1%、1.4%和2%琼脂糖凝胶电泳中，溴酚兰的迁移率分别与1Kb、 0.6Kb、0.2Kb和0.15Kb的双链线性DNA片段大致相同。二甲苯青的水溶液呈兰色，它在1%和1.4%琼脂糖中电泳时，其迁移速率分别与2Kb和1.6Kb的双链线性DNA大致相似。指示剂一般与蔗糖、甘油或聚蔗糖400组成载样缓冲液。载样缓冲液的作用有增加样品密度，使其比重增加，以确保DNA均匀沉入加样孔内。在电泳中形成肉眼可见的指示带，可预测核酸电泳的速度和位置。使样品呈色，使加样操作更方便。2）染色剂：核酸电泳后，需经染色后才能显现出带型，最
4、常用的是溴化乙锭染色法，其次是银染色。溴化乙锭(ethidium bromide，EB)是一种荧光染料，EB分子可嵌入核酸双链的碱基对之间，在紫外线激发下，发出红色荧光。根据情况可在凝胶电泳液中加入终浓度为0.5ug/ml的EB，有时亦可在电泳后，将凝胶浸入该浓度的溶液中染色1015min.琼脂糖凝胶EB染色，肉眼可见核酸电泳带，其DNA量一般5ng，当溴化乙锭太多，凝胶染 色过深，核酸电泳带看不清时，可将凝胶放入蒸馏水浸泡30min后再观察。银染色液中的银离子(Ag+)可与核酸形成稳定的复合物，然后用还原剂如甲醛 使Ag+还原成银颗粒，可把核酸电泳带染色黑褐色。主要用于聚丙烯酰胺凝胶电泳染色
5、。 也用于琼脂糖凝胶染色。其灵敏度比EB高200倍。但银染色后，DNA不宜回收。4、电泳1）电泳装置：电泳装置主要有电泳仪，电泳槽及灌胶模具等。2）电泳方法用蒸馏水将电泳槽和梳子冲洗干净。放在水平桌面上，并架好梳子。根据核酸分子量的大小配制不同浓度的琼脂糖凝胶，一般200400bp的DNA片段， 可配制1.21.7%浓度的琼脂糖用于电泳。配制0.5XTBE电泳缓冲液100ml于三角烧瓶中，称取一定量的琼脂糖粉放入后沸水锅或微波炉内加热熔化。冷却至60(需要时可加入溴乙锭)，倒入电泳槽中，待凝固。向电泳槽中倒入0.5XTBE，其量以没过胶面2mm为宜，小心移去梳子。如样品孔内有气泡，应设法除去。
6、在DNA样品中加入0.2体积的载样缓冲液，混匀后，加入样品孔内。接通电源，一般红色为正极黑色为负极，切记DNA样品由负极往正极泳动(靠近加样 孔的一端为负)。电压为1-5V/cm(长度以两个电极之间的距离计算)。根据指示剂泳动的位置，判断是否终止电泳。一般200400bp的PCR产物50V电压， 电泳2040min即可。3）溴化乙锭染色后，紫外仪上观察电泳带及其位置，并与核酸分子量标准比较被扩增产物的大小。 二、聚丙烯酰胺凝胶电泳聚丙烯酰胺凝胶电泳适宜分离鉴定低分子量蛋白质、小于1Kb的DNA片段和DNA序列分析。其装载的样品量大，回收DNA纯度高。长度仅相差0.2%(即500bp中的1bp)
7、的核苷酸分子即能分离。聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺单体，在催化剂TEMED(N，N，N，N一四甲基乙二胺)和 过硫酸铵的作用下，丙烯酰胺聚合形成长链，聚丙烯酰胺链在交联剂，N，N一亚甲双丙烯酰胺参与下，聚丙烯胺链与链之间交叉联接而形成凝胶。聚丙烯酰胺凝胶孔径的大小是由丙烯酰胺的浓度决定的，不同浓度丙烯酰胺和DNA的有效分离范围见表2.。丙烯酰胺(%)有效分离范围(bp)溴酚兰*二甲苯青*3.510020001004605.080500652608.0604004516012.040200307015.025150156020.0101001245*表中给出的数字为与指示剂迁移率相等的双链DNA分
8、子所含碱基对数目(bp)。 1、材料1）电泳仪器：电泳仪，垂直电泳槽及其附件。2）30%丙烯酰胺 丙烯酰胺，29克 N，N一亚甲基双丙烯酰胺，1克 H2O，加至100ml 装于棕色瓶内，4可保存二个月。3）10%过硫酸铵 过硫酰铵，1克 加水至，10ml 4可保存一周，-20可保存一个月。4）1XTBE电泳缓冲液 5）TEMED(四甲基乙烯基二胺) 2、聚丙烯酰胺凝胶的制备与电泳根据分离DNA片段的大小及需凝胶的容积，配制聚丙烯酰胺凝胶。1）按要求装配好垂直电泳板，两块玻璃板的两侧及底部用1%的琼脂糖封边，防止封闭不严而使聚丙烯酰胺液漏出。2）将装好的玻璃电泳板倾斜成4560角。3）按表3配制
9、所需%浓度凝胶的毫升数。 4）加入TEMED后，立即混匀，缓缓倒入两玻璃板间的胶床中，直到液体接近溢出时为止。5）立即插入适当的梳子，密切注意防止梳齿下产生气泡，用一有力的夹将梳子夹在一边的玻璃板上，然后将玻璃板斜靠在物体上，使成10角，可减少液体泄漏的机会。6）室温聚合一小时后，将玻璃板插入电泳槽中，上紧，倒入0.1XTBE 缓冲液。7）小心取出梳子，立即用缓冲液冲洗加样孔，因为梳子取出后，梳子上吸附的及凝胶顶部未聚合的丙烯酰胺会流入加样孔内聚合，产生不规则的表面，将导致以后DNA电泳带型不规则。8）将DNA样品与适量的载样缓冲液混匀后，加到样品孔内，加样时不要产生气泡。9）接好电极，电压为1-8V/cm，进行电泳。10）根据指示剂迁移位置来判定是否终止电泳。11）电泳毕，切断电源，弃去电泳仪，取出胶床板，小心移去一块玻 璃板，让凝胶吸附在另一块玻璃板上。浸入含0.5ug/ml的溴化乙锭溶 液中，1530min后取出水洗紫外仪下观察结果。12）聚丙烯酰胺凝胶电泳只能检出10ng以上量的DNA条带。要求更高的灵敏度，可用银染。
