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1、 AUTODOCK 4.0 使用中文版 国立东华大学 生物技术研究所 宣戴维教授实验室制作版面作者:林世浤 如有问题请回信指教 e-mail: .twAutoDock 是一套做docking的软件，主要是做小分子与大分子(receptor)键结的预测，使用autodock4 .0图形接口，需安装四项程序：PS.找机会 会把安装程序放上去*AUTODOCK4.0 的接口，所有设定都会在此接口执行。(一)、1. File - Read Molecule (选择分子)2. Select - Select From String(要标定水分子) - Add3. Edit - Delete - Dele
2、te AtomSet - Continue(将水分子消除)4. Edit - Hydrogen - Add - OK5.File - Save - Wrtie PDB6. Display - Show/Hide Molecule (先隐藏起来，接下来要设定ligand)(二)、/* Ligand */1.Ligand - input - open - (檔名.pdb)2.Ligand - Output - Save as pdbqt(三) autodock4.0 新增的东西 (Flexible Residues)A：文献上没有提到，接合位置的重要胺基酸，就直接跳过File - Save - W
3、rite PDBQTB：文献上提到，接合位置的重要胺基酸，就直接寻找1.Flexible Residues - Input - Choose Macromolecule2.Edit - Hydrogens - Merge Non-Polar - CONTINUE3.Select - Select From String /* Residue打上ARG8 - Add */4.Flexible Residues - Choose Torsions in Currently Select Resdues5.Flexible Residues - Oput - Save Rigid pdbqt(四)
4、/* Grid */1.Grid - macromolecule - (檔名.pdbqt) (protein)2.Grid - Set Map Type - (檔名.pdbqt) (ligand)3. Grid - Grid Box (把所有参数调整好) - 4. File(Grid Options窗口) - Close saving current5. Grid - Output - Save GPF (檔名.gpf)6. /* Edit GPF (是在看档案.gpf，的文件) */(五) /* Run */1.Run - Run AutoGrid2.Launch (autodcok3要改成
5、autodcok4才能执行) PS.执行结束后，有几个档案出来，之后要执行分子间的力场。(六) /* Docking */1.Docking - Mocromolecule - (檔名.pdbqt) (protein)2.Docking - Ligand - (檔名.pdbqt) (ligand)3. Docking - Output - (看你要选择哪一个算法，存取它)4. /* Edit DPF (是在看档案.dpf，的文件) */(七) /* Run */1.Run - Run AutoDock2.Launch (autodcok3要改成autodcok4才能执行)(八) /* Anal
6、yze */A：1.Analyze - Docking - (檔名.dlg) 2.Analyze - Conformations - Play (可让ligand变更位置，ps.已对结好的位置)3.Macromolecule - (檔名.pdbqt) (protein)(八) /* Analyze */B：1. Analyze - Grids - Open Other 选择步骤(五)中的九个由autogrid 产生的文 件，每一个文件都代表不同的力场2.Analyze - Conformations - Play (ligand可配合任一力场，做autodock所产生 出的九个docking位置，并判断它们的关系)(八) /* Analyze */C：1. Analyze - Conformations - Extract Histogram (计算分子对接，ligand与 protein bind site的分数高低并由高到低)版面作者:林世浤 如有问题请回信指教 e-mail:.tw
