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1、生物信息专业大学排名 大学对生物信息专业感兴趣如果感兴趣的话就提前来了解一下生物信息专业大学排名情况吧下面是YJBYS小编为大家收集的关于生物信息专业大学排名欢迎大家阅读借鉴 序列对比 序列比对(SequenceAlignment)的基本问题是比较两个或两个以上符号序列的相似性或不相似性从生物学的初衷来看这一问题包含了以下几个意义：从相互重叠的序列片断中重构DNA的完整序列在各种试验条件下从探测数据(probedata)中决定物理和基因图存贮遍历和比较数据库中的DNA序列比较两个或多个序列的相似性在数据库中搜索相关序列和子序列寻找核苷酸(nucleotides)的连续产生模式找出蛋白质和DNA
2、序列中的信息成分 序列比对考虑了DNA序列的生物学特性如序列局部发生的插入删除(前两种简称为indel)和替代序列的目标函数获得序列之间突变集最小距离加权和或最大相似性和对齐的方法包括全局对齐局部对齐代沟惩罚等两个序列比对常采用动态规划算法这种算法在序列长度较小时适用然而对于海量基因序列(如人的DNA序列高达10?bp)这一方法就不太适用甚至采用算法复杂性为线性的也难以奏效因此启发式方法的引入势在必然著名的BALST和FASTA算法及相应的改进方法均是从此前提出发的 对比预测 基本问题是比较两个或两个以上蛋白质分子空间结构的相似性或不相似性蛋白质的结构与功能是密切相关的一般认为具有相似功能的蛋
3、白质结构一般相似蛋白质是由氨基酸组成的长链长度从50到10003000AA(AminoAcids)蛋白质具有多种功能如酶物质的存贮和运输信号传递抗体等等 氨基酸的序列内在的决定了蛋白质的3维结构一般认为蛋白质有四级不同的结构研究蛋白质结构和预测的理由是：医药上可以理解生物的功能寻找dockingdrugs的目标农业上获得更好的农作物的基因工程工业上有利用酶的合成直接对蛋白质结构进行比对的原因是由于蛋白质的3维结构比其一级结构在进化中更稳定的保留同时也包含了较AA序列更多的信息蛋白质3维结构研究的前提假设是内在的氨基酸序列与3维结构一一对应(不一定全真)物理上可用最小能量来解释从观察和总结已知结
4、构的蛋白质结构规律出发来预测未知蛋白质的结构同源建模(homologymodeling)和指认(Threading)方法属于这一范畴同源建模用于寻找具有高度相似性的蛋白质结构(超过30%氨基酸相同)后者则用于比较进化族中不同的蛋白质结构然而蛋白结构预测研究现状还远远不能满足实际需要 分析研究 基因识别的基本问题是给定基因组序列后正确识别基因的范围和在基因组序列中的精确位置非编码区由内含子组成(introns)一般在形成蛋白质后被丢弃但从实验中如果去除非编码区又不能完成基因的复制 显然DNA序列作为一种遗传语言既包含在编码区又隐含在非编码序列中分析非编码区DNA序列目前没有一般性的指导方法在人类基因组中并非所有的序列均被编码即是某种蛋白质的模板已完成编码部分仅占人类基因总序列的35%显然手工的搜索如此大的基因序列是难以想象的.侦测密码区的方法包括测量密码区密码子(codon)的频率一阶和二阶马尔可夫链ORF(OpenReadingFrames)启动子(promoter)识别HMM(HiddenMarkovModel)和GENSCANSpliceAlignment等等
