《香蕉穿孔线虫（radopholus+similis）rrna基因的部分序列特征研究》由会员分享，可在线阅读，更多相关《香蕉穿孔线虫（radopholus+similis）rrna基因的部分序列特征研究（60页珍藏版）》请在金锄头文库上搜索。
1、中国农业科学院 硕士学位论文 香蕉穿孔线虫（Radopholus similis）rRNA基因的部分序列特 征研究 姓名：李佳 申请学位级别：硕士 专业：生物安全 指导教师：彭德良 20080601 摘 香蕉穿孔线虫是我国重要的进境植物检疫性有害生物，对我国经济作物有着极大的潜在危险。 为了对其种及种群进行鉴定、了解系统发育动态及其与国外同类穿孔线虫的亲缘关系，本试验对 来自不同口岸截获及一些地区采集的1 0 个香蕉穿孔线虫( R a d o p h o l u ss i m i l i s ) 群体、4 个根腐线虫 群体的r R N A 基因部分序列进行了比较研究，得到以下研究结果： 利用D
2、 2 D 3 区的通用引物D 2 A 和D 3 B 扩增9 个香蕉穿孔线虫种群( R S H L 、R S H N l 3 、R S S Z 、 R S L Z 、R S S H 、R S H N l 2 p 、R S H N 3 、R S H N l 2 r 和R S H K ) 的2 8 S r D N A D 2 D 3 区片段长度约为7 8 0 b p ， 经纯化，克隆和序列测定，得到核苷酸序列长度分别为：7 7 6 b p 、7 7 6 b p 、7 7 8 b p 、7 7 8 b p 、7 7 8 b p 、 7 7 6 b p 、7 7 9 b p 、7 7 6 b p 、7
3、7 8 b p ：将其提交G e n e B a n k 注册，获得序列注册号分别为：E U 5 5 5 4 0 6 、 E U 5 5 5 4 1 1 ，E U 5 5 5 4 1 2 ，E U 5 5 5 4 0 9 ，E U 5 5 5 4 0 4 ，E U 5 5 5 4 0 7 ，E U 5 5 5 4 0 5 ，E U 5 5 5 4 0 8 ，E U 5 5 5 4 1 0 。 序列比对分析结果显示，这9 个香蕉穿孔线虫种群D 2 D 3 区域的序列同一性为9 9 1 3 ，说明这一 区段保守性很高。聚类分析结果表明，R S H N 3 种群与其它8 个种群亲缘关系较远，说明寄主
4、植物 对香蕉穿孔虫的系统发育有很大影响。 为了进一步探讨2 8 S r D N A D 2 D 3 区的序列特征及种群间的差异，引入了2 个咖啡根腐线虫 种群伊L D 和P H N 3 ) 和2 个拟咖啡根腐线虫种群( P X M 和P X M 2 ) ，利用D 2 D 3 区的通用引物D 2 A 和D 3 B 扩增了这4 个根腐线虫种群的D 2 D 3 区，经纯化、克隆和测序，得到核苷酸序列长度分别 为7 8 1 b p 、7 7 8 b p 、7 8 5 b p 、7 8 6 b p ，正在将其提交G e n e B a n k 注册。 用7 个限制性内切酶( D d eI 、H p aI
5、 I 、H i n t I 、R s aI 、S a u 3 AI 、T a qI 和M s pI ) 对9 个香 蕉穿孔线虫群体、2 个咖啡根腐线虫种群和2 个拟咖啡根腐线虫种群的D 2 D 3 区扩增产物进行 P C R 。R F L P 分析。结果显示，用D d eI 能将R S H N 3 种群与其它8 个香蕉穿孔线虫种群区分，H p aI I 、 H i n fI 、S a u 3 AI 、T a qI 和M s pI 能对香蕉穿孔线虫、咖啡根腐线虫和拟咖啡根腐线虫进行稳定 而简便的鉴别，其中的T a qI 、H p a I I 和M s pI 对三种线虫的鉴别更明显而直观，R s
6、aI 可以区分 香蕉穿孔线虫与根腐线虫。 采用通用引物F e r F 和F e r R 扩增3 个香蕉穿孔线虫种群( R S I - n 4 3 、R S H K 和R S H Z ) 的r D N A I T S 区，经纯化、克隆并测序，得到核苷酸序列长度为7 0 6 b p ，G e n n B a n k 序列注册号分别为E U 7 2 8 6 6 0 、 E U 7 2 8 6 5 9 、E U 7 2 8 6 6 1 。 用8 种限制性内切酶( H e a l I I 、H i n f I 、R s aI 、c f oI 、P I I 、B a m HI 、T a qI 和M s p
7、I 谢 1 0 个香蕉穿孔线虫种群( R S S H 、R S H L 、R S S Z 、R S L Z 、R S H K 、R S H N 3 、R S H N l 3 、R S H N l 2 p 、 R S H N l 2 r 和R S H Z ) 的r D N A I T S 区扩增产物进行P C R R F L P 分析。结果显示，H i n fI 和R s aI 可 以将香蕉穿孔线虫R S H N 3 种群与其它9 个种群区分开来，且R s aI 和H i n fI 酶切后，R S H N 3 不 仅产生了与其它种群相同的片段，还多产生了与其它种群不同的片段，R S H N 3
8、可能与其它种群 存在基因型差异或其有可能为混合基因型。 采用I G S 区的通用引物1 8 S 和5 S 扩增2 个香蕉穿孔线虫( R S H N 3 和R S H K ) r D N A I G S 区， R S H N 3 得到一条长片段和一条短片段，R S H K 得到一条长片段，经克隆、纯化并测序，得到核苷 酸序列长度分别为1 1 2 3 b p 、5 7 1 b p 、1 1 2 3 b p ，并将其提交G e n e B a n k 注册，现正在注册中。 关键词香蕉穿孔线虫 核糖体D N A 内转录间隔区D 2 D 3 区域限制性片段长度多态性 要 A b s t r a c t
9、T h eb u o w i n gn e m a t o d e ，R a d o p h o l u ss i m i l i s ，w a so n eo ft h em o s ti m p o r t a n tq u a r a n t i n ep e s t si n C h i n a I no r d e rt oi d e n t i f yt h es p e c i e s ，u n d e r s t a n d i n gt h ed y n a m i co fp h y l o g e n t i cs y s t e m sa n dt h e r e l
10、a t i o n s h i pb e t w e e n 尼s i m i l i sa n d r e l a t e ds p e c i e s ，t h e p a r t i a lr R N Ag e n es e q u e n c e sf r o mn i n e p o p u l a t i o n so fR a d o p h o l u ss i m i l i sd e t e c t e df r o mi m p o r t e ds e e d l i n go rh o r t i c u l t u r a lp l a n t sb yt h eC
11、 I Q i n C h i n aa n df o u rr o o tl e s i o nn e m a t o d e sP r a t y l e n h u sw e r ei n v e s t i g a t e d R e s u l t sw e r ea sf o l l o w s ： D 2a n dD 3r e g i o no f2 8 Sr R N Ag e n ef r o mn i n e 足s i m i l i sp o p u l a t i o n s ( R S H L 、R S H N l 3 、R S S Z 、 R S L Z 、R S S
12、H 、R S H N l 2 p 、R S H N 3 、R S H N l 2 ra n dR S H K ) w e r ea m p l i f i e du s i n gu n i v e r s a lp r i m e r sD 2 A a n dD 3 B A f t e rc l o n i n ga n ds e q u e n c i n g ，n u c l e o t i d es e q u e n c el e n g t ho fe a c hf r a g m e n t sw e r ed e t e c t e da s 7 7 6 b p ，7 7 6
13、b p ，7 7 8 b p ，7 7 8 b p ，7 7 8 b p ，7 7 6 b p ，7 7 9 b p ，7 7 6 b p ，7 7 8 b pr e s p e c t i v e l y T h es e q u e n c eo f e a c hp o p u l a t i o nw a ss u b m i t t e dt oG e n e B a n ka n dt h ea c c e s sn u m b e r sw e r eE U 5 5 5 4 0 6 、E U 5 5 5 4 1 1 、 E U 5 5 5 4 1 2 ，E U 5 5 5 4 0
14、 9 ，E U 5 5 5 4 0 4 ，E U 5 5 5 4 0 7 ，E U 5 5 5 4 0 5 ，E U 5 5 5 4 0 8 ，E U 5 5 5 4 1 0r e s p e c t i v e l yT h e s e q u e n c ea n a l y s i sa n da l i g n m e n ta n a l y s i ss h o w e dt h a tt h es i m i l a r i t yb e t w e e nt h e mw a s9 9 1 3 P h y l o g e n t i ca n a l y s i so f 9p
15、 o p u l a t i o n sw i t hU P G M Ap r o g r a mc l u s t e r e d8p o p u l a t i o n st h es a m eg r o u pa n d t h eo t h e rp o p u l a t i o nR S H N 3i na n o t h e rg r o u p I ts u g g e s t e dt h a tt h eh o s tp l a n th a dg r e a ti n f l u e n c et ot h e p h y l o g e n t i cd e v e
16、l o p m e n to fR s i m i l i s I no r d e rt of u r t h e re x p l o r et h e s e q u e n c ec h a r a c t e r i s t i c so f2 8 S - r D N A - D 2 D 3d i s t r i c tb e t w e e n p o p u l a t i o n so f 足s i m i l i s ，w ei n t r o d u c e dt w op o p u l a t i o n so fP r a t y l e n c h u sc o f f e a e ( P L Da n dP H N 3 ) a n d t w op o p u l a t i o n so fP r a t y l e n c h u sp s e u d o c o f f e a e ( P X Ma n dP X M 2 ) O n ef r a g m e n tw a sg e n e r
